Empfänglichkeit und Resistenz bei Infektionen

Öffentliche Bekanntmachung:

2006

Förderzeitraum:

2007 - 2017

Gesamtvolumen:

ca. 29 Mio. EUR

Vorhabenzahl:

20

 

1. Ziele des Förderschwerpunktes

Die Aufklärung der molekularen und zellulären Mechanismen der Erreger/Wirt-Interaktion ist weit fortgeschritten. Allerdings ist erst in jüngster Zeit klar geworden, welche Bedeutung die körpereigene, natürliche Resistenz gegenüber eindringenden Mikroorganismen für die Empfänglichkeit gegenüber Infektionskrankheiten und ihren Verlauf besitzt. Die natürliche Resistenz ergibt sich aus dem komplexen Zusammenwirken verschiedener Komponenten wie des angeborenen Immunsystems, von körpereigenen, Resistenz vermittelnden Proteinen sowie der organspezifischen Zusammensetzung der bakteriellen Mikroflora. Durch die erweiterten Erkenntnisse in diesem Bereich bieten sich neue Ansatzpunkte für die krankheitsbezogene Forschung zu wichtigen Infektionskrankheiten. Zudem bietet sich die Chance, die natürliche Resistenz gegenüber Infektionskrankheiten gezielt beeinflussen und neue Therapiestrategien unter Ausnutzung von Komponenten der natürlichen Resistenz entwickeln zu können.

2. Stand der Fördermaßnahme

Auf die Öffentliche Bekanntmachung hin gingen 15 Verbundanträge ein, von denen fünf durch einen international und interdisziplinär besetzten Gutachterkreis zur Förderung empfohlen wurden. Für insgesamt 15 Millionen Euro wurden diese interdisziplinären Verbünde zunächst für drei Jahre gefördert. Das Themenspektrum dieser Verbünde umfasst Tuberkulose, Staphylococcus aureus-Infektionen der Haut, Magen-Darm-Infektionen, Hepatitis C und Sepsis. Nach einer Zwischenbegutachtung können vier der Verbünde für weitere 14 Millionen Euro ihre Arbeit fortsetzen.

3. Geförderte Vorhaben

a) Kurzbeschreibungen der laufenden Vorhaben

(Sortierung innerhalb der Verbünde nach Förderkennzeichen)

Verbundprojekt: Suszeptibilität bei Infektionen: Sepsis (PROGRESS)

Mit Hilfe molekularbiologischer Methoden (Genomik, Transkriptomik, Proteomik) werden prognostische Marker etabliert, die den Verlauf von Lungenentzündung bis hin zur schweren Sepsis vorhersagen helfen und zudem ein Therapiemonitoring ermöglichen sollen. Auf Verbundebene sollen Gene oder Genprodukte charakterisiert werden, die sich als Marker eignen. Die gewonnenen Erkenntnisse sollen zur Pathogeneseforschung herangezogen werden und zur Entwicklung von neuen Behandlungsstrategien beitragen.

"Proteom- und Immunoproteomscreening nach diagnostischen Signaturen für Community-acquired Pneumonia (CAP)" und "Plasmaproteomscreening nach Biomarkern für die Progression"

Universitätsmedizin Greifswald
Interfakultäres Institut für Genetik und
Funktionelle Genomforschung

Friedrich-Ludwig-Jahn-Str. 15 a
17489 Greifswald

Leiter:
Tel.:
FKZ:
Betrag:
Laufzeit:

Prof. Dr. Uwe Völker
03834 86-5870
01KI1010D
512.123 EUR
01.10.2014 - 30.09.2017

Ziel des Greifswalder Teils des Teilprojektes A3 des Verbundes ist es, die adaptive Immundantwort auf Streptococcus pneumoniae zu charakterisieren. Dazu werden sowohl die Proteinprofile infizierender Pneumokokkenstämme unter besonderer Beachtung der Zellwand- und sekretierten Proteine charakterisiert als auch die Antikörperprofile gegen Pneumokokkenantigene in einem personalisierten Immunoproteomansatz zu einem Vergleich infizierender Stämme mit individuellen Immunantworten aufgenommen. Komplementär dazu und zusätzlich zum ursprünglich beantragten Arbeitsprogramm wird im Auftrag des ganzen Konsortiums das Proteomprofiling von 560 humanen Plasmaproben ausgeführt, um diese Daten zur integrierten Biomarkersuche gemeinsam mit den Immunoproteom und Transkriptomdaten einsetzen zu können. Aufbauend auf die phänotypische und genotypische Charakterisierung von klinischen Pneumokokkenisolaten werden aus den Proteinfraktionen dieser Stämme durch eine Kombination von 2-D Elektrophorese und Massenspektrometrie Proteomreferenzkarten erstellt, um dann mit gelbasierten Immuno-proteomanalysen immundominante Proteine zu identifizieren. Kandidatenproteine werden dann mit der Luminextechnologie in größeren Probenkollektionen validiert. Komplementär erfolgt mit einem in Greifswald etablierten Proteomicsworkflow die Charakterisierung von 560 humanen Plasmaproben von Patienten, wobei der Fokus auf der Identifizierung mit dem Übergang zwischen verschiedenen Lungenentzündungs-Schweregraden assoziierten Proteomveränderungen liegt.

 

Zentrale Plattform für Biometrie, Bioinformatik und Datenbanken (B1)

Universität Leipzig - Medizinische Fakultät
Institut für Medizinische Informatik, Statistik und Epidemiologie (IMISE)

Härtelstr. 16-18
04107 Leipzig

Leiter:
Tel.:
FKZ:
Betrag:
Laufzeit:

Prof. Dr. Markus Löffler
0341 97-16100
01KI1010I
608.091 EUR
01.10.2011 - 31.01.2017

Das Teilprojekt B1 in Leipzig stellt die zentrale Infrastruktur für Speicherung und Analyse der klinischen, genotypischen und molekularen Daten aller in PROGRESS untersuchten Patienten zur Verfügung. Datenbanken, Datenerfassung & Datenmanagement: Hier wird die Infrastruktur für Erfassung, Speicherung und Management der hochdimensionalen wie auch klinischen Patientendaten bereitgestellt. Für klinische Daten und Querymanagement wird die bereits in SEPNET verwendete professionelle Studienmanagementsoftware verwendet. Für Speicherung und Analyse hochdimensionaler Daten wird ein bestehendes DataWarehouse benutzt und erweitert. Für einen vollständigen und qualitätsgeprüften Datenbestand wird ein Qualitätssicherungsprozess gemäß dem in klinischen Studien üblichen Standard etabliert.

 

Teilprojekt B3: PROGRESS-Network Management

Charité - Universitätsmedizin Berlin
Campus Virchow-Klinikum
Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Infektiologie und Pneumologie

Augustenburger Platz 1
13353 Berlin

Leiter:
Tel.:
FKZ:
Betrag:
Laufzeit:

Prof. Dr. Norbert Suttorp
030 450-553052
01KI07114
2.760.543 EUR
01.10.2007 - 31.01.2017

Vorhabenziele sind die Implementation eines Qualitätsmanagementsystems, Qualitätskontrolle auf allen Prozessebenen, Treffen von Kooperationsvereinbarungen, intensive Schulung der Prüfärzte, Study Nurses und des Laborpersonals, Erstellung von SOPs im Sinne eines TQM, Monitoring der klinischen Zentren und des Probenverarbeitungsprozesses sowie Öffentlichkeitsarbeit. Ziel ist die Entwicklung eines prognostischen Modells zur Abschätzung des Krankheitsverlaufs auf der Basis phänotypischer und molekularer Daten. Durch den Vergleich von Genom-,Transkriptom-und Proteomdaten sowie durch die Einbeziehung von phänotypischen Daten sollen Einblicke in die Krankheitsmechanismen möglich werden.

 

Teilprojekte A2.1, B2, C6

Universitätsklinikum Jena
Klinik für Anästhesiologie und Intensivtherapie

Erlanger Allee 101
07747 Jena

Leiter:
Tel.:
FKZ:
Betrag:
Laufzeit:

Prof. Dr. Konrad Reinhart
03641 9323101
01KI07111
1.754.404 EUR
01.10.2007 - 31.01.2017

Untersucht werden immunologische Zusammenhänge der Übergänge zwischen Pneumonie, schwerer Pneumonie und Sepsis. Dazu sollen eine Biomaterialbank etabliert und Genexpressionsanalysen sowohl im Mausmodell als auch bei Patienten durchgeführt werden. TP A.2.1 beinhaltet Genexpressionsanalysen bei 480 Patienten mit ambulant oder hospital erworbener Pneumonie verschiedener Schweregrade sowie von Kontrollpatienten ohne Pneumonie. TP B2 entwickelt Standards für Probenentnahme, Probenidentifizierung und Lagerung; etabliert eine Infrastruktur für die Gewinnung von Biomaterialien; überwacht die Probenentnahme und Lagerung und verteilt Aliquots an die Projektpartner. TP C6 führt Genexpressionsanalysen bei Mäusen mit Pneumonie durch S. pneumoniae, Sepsis durch S. pneumoniae bzw. Sepsis bei Peritonitis durch. Es soll ein diagnostisches Werkzeug zur Früh- und Differentialdiagnose der Pneumonie entwickelt werden.

 

Genomics (Teilprojekt A.1 des Progress-Netzwerks) und Transcriptomics (Teilprojekt A2.2 des Progress-Netzwerks)

Justus-Liebig-Universität Gießen
Fachbereich Medizin
Institut für Medizinische Mikrobiologie

Frankfurter Str. 107
35392 Gießen

Leiter:
Tel.:
FKZ:
Betrag:
Laufzeit:

Prof. Dr. Trinad Chakraborty
0641 99-41280
01KI07110
2.754.066 EUR
01.10.2007 - 31.01.2017

TP A.1 umfasst die Identifizierung der genetischen Faktoren, die an der Progression einer ambulant erworbenen Pneumonie in eine schwere Pneumonie und Sepsis beteiligt sind. TP A2.2 umfasst die Identifizierung von frühen diagnostischen Markern bei Frühgeborenen mittels Transkriptomanalyse, die die Progression des Atemnotsyndroms in eine frühe Neugeborenensepsis (EOSP) anzeigen.

 

b) Liste der abgeschlossenen Vorhaben 

 

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