Die interne Koordination der Bereiche NGFN-Plus und NGFN-Transfer des Programms der Medizinischen Genomforschung wird durch das Projektkomitee (PK) übernommen. Die Funktion dieses Gremiums ist der eines Vorstands vergleichbar. Zu den wesentlichen Aufgaben des PK gehören die Forschungskoordination, die interne Überprüfung des Projektverlaufes und die Koordination der Öffentlichkeitsarbeit des Programms. Das Gremium besteht aus gewählten Vertretern der Bereiche NGFN-Plus und NGFN-Transfer. Unterstützt wird das PK durch eine Geschäftsstelle, die am Deutschen Krebsforschungszentrum in Heidelberg angesiedelt ist und die die Internetseite des NGFN betreibt.
Die Gesamtentwicklung des Programms der Medizinischen Genomforschung wird durch einen Beirat für Wissenschaft und Technologietransfer beobachtet, der sich aus wissenschaftlichen Experten aus Akademie und Industrie zusammensetzt. Der Beirat spricht Empfehlungen zur strategischen Entwicklung des Programms und seiner Strukturen wie zur Umsetzung konkreter Maßnahmen aus.
Um die Forscher im Programm der Medizinischen Genomforschung in patentrechtlichen und wirtschaftlichen Fragen zu beraten, wurde das Kompetenzcenter Technologietransfer (KTT) eingerichtet. Das KTT arbeitet in enger Kooperation mit den lokalen Patent- und Verwertungsagenturen der beteiligten Forschungseinrichtungen und Unternehmen zusammen. Das KTT ist auch eine zentrale Anlaufstelle und Informationsquelle für Unternehmen, die an den Forschungsergebnissen aus dem Programm der Medizinischen Genomforschung interessiert sind. Auf diese Weise findet ein effizienter Transfer von Ergebnissen aus der Wissenschaft in die Wirtschaft statt, der eine zügige Umsetzung der Forschungsergebnisse in Prävention, Diagnose oder Therapie gewährleistet, die schließlich den Patienten zugute kommt.