NGFN-Transfer

Öffentliche Bekanntmachung:	2007
Förderzeitraum:	2008 - 2011
Gesamtvolumen:	12,1 Mio. EUR
Geförderte Verbünde:	8

1. Ziele des Förderschwerpunktes

Der Förderschwerpunkt "Innovationsallianzen der Medizinischen Genomforschung - NGFN-Transfer" baut auf der bisherigen Förderung des Nationalen Genomforschungsnetzes durch das BMBF auf. Dieser Schwerpunkt ergänzt den Förderschwerpunkt "Integrierte Verbünde der Medizinischen Genomforschung - NGFN-Plus" und dient dem effizienten Transfer von Erkenntnissen aus der medizinischen Genomforschung in Richtung auf die Anwendung in Medizin und Industrie.

Die biomedizinische Forschung, speziell die krankheitsorientierte funktionelle Genom- und Proteomforschung im NGFN, hat zahlreiche neue und vielversprechende Ansätze zur Prävention und Therapie aufgezeigt. Diese Ergebnisse aus der akademischen Forschung sind bislang nur unzureichend den industriellen Anwendern zugeführt bzw. von Unternehmen der pharmazeutischen Industrie aufgegriffen und für die Entwicklung neuer Diagnostika oder Medikamente genutzt worden. Ein Grund hierfür ist beispielsweise die mangelnde Reife der wissenschaftlichen Ergebnisse.

In den Innovationsallianzen sollen forschende Unternehmen, Hochschulen und außeruniversitäre Forschungseinrichtungen in enger Zusammenarbeit marktrelevante und transfertaugliche Innovationen gemeinsam weiterentwickeln, um durch die Anwendungsrelevanz, Attraktivität und Reife der erwarteten Ergebnisse dieser Verbünde den Übergang in die Industrie deutlich zu erleichtern.

2. Stand der Fördermaßnahme

Die auf diese Bekanntmachung hin ausgewählten acht Innovationsallianzen wurden in einer ersten Förderphase für einen Zeitraum von drei Jahren (2008 bis 2011) bewilligt.

Abgeschlossene Vorhaben aus dem Nationalen Genomforschungsnetz (NGFN1, NGFN2) finden Sie hier.

3. Geförderte Vorhaben

a) Kurzbeschreibung der laufenden Vorhaben

Verbundprojekt: Oncoprofile-Kit - Etablierung diagnostischer Techniken zur Beurteilung der Zytostatikasensitivität von Mammakarzinomen

Theracode GmbH Hölderlin Str. 8 55131 Mainz

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Dr. Kneip 06131 178012 01GR1101 159.966 EUR 01.08.2011 - 31.03.2012

Technische Universität Dortmund Institut für Arbeitsphysiologie (IfA) Ardeystr. 67 44139 Dortmund

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Prof. Jan G. Hengstler 0231 1084-348 01GR0816 406.400 EUR 01.04.2008 - 31.03.2012

Johannes Gutenberg-Universität Mainz Fachbereich Medizin Bereich Klinikum Klinik und Poliklinik für Frauenheilkunde und Geburtshilfe Langenbeckstr. 1 55131 Mainz

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Dr. Marcus Schmidt 06131 17-2683 01GR0814 308.188 EUR 01.04.2008 - 31.03.2012

RNA-Expressionsprofile von Mammakarzinomen sollen identifiziert werden, die eine Vorhersage des Ansprechens der Karzinoma auf bestimmte Zytostatika ermöglichen. Hierzu sollen zunächst primäre Tumorzellen aus Mammakarzinomen in vitro auf ihre Chemosensitivität untersucht werden. Die RNA-Expressionsprofile der korrespondierenden Tumore sollen mittels Affymetrix Gene Array bestimmt werden. So werden Signaturen identifiziert, die mit der Chemosensitivität assoziiert sind. Diese Signaturen sollen später anhand einer weiten Patientenkohorte, welche eine neoadjuvante Chemotherapie erhält, validiert und wenn möglich optimiert werden. Zusätzlich zu den RNA-Signaturen sollen Faktoren auf Protein- und Phosphoproteinebenen bestimmt werden, um zu untersuchen, ob diese einen von den RNA-Signaturen statistisch unabhängigen prognostischen oder prädiktiven Beitrag liefern. Basierend auf den gefundenen RNA-Expressionssignaturen sollen diagnostische Kits entwickelt werden, die kommerziell verfügbar gemacht werden.

Verbundprojekt: Anti-Malaria Verbindungen

Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg Universitätsklinikum – Hygieneinstitut Abteilung Parasitologie Im Neuenheimer Feld 324 69120 Heidelberg

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Dr. Kai Matuschewski 06221-56-8284 01GR0824 267.605 EUR 01.04.2008 - 31.12.2011

Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg Universitätsklinikum Hygieneinstitut - Abt. Parasitologie Im Neuenheimer Feld 324 69120 Heidelberg

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Dr. Friedrich Frischknecht 06221 56-6537 01GR0820 177.563 EUR 01.04.2008 - 31.12.2011

Der Verbund entwickelt einen existierenden Prototypen zur Identifizierung und Validierung von prophylaktisch wirkenden Anti-Malaria-Wirkstoffen weiter. Der Ansatz zur Intervention richtet sich darauf, den ersten Schritt der Malaria-Infektion zu blockieren: das Eindringen der Plasmodium-Sporozyten in die Leberzellen des Wirts. In Vorarbeiten mit dem existierenden Prototypen sind bereits ein neues Zielgen und wirksame Liganden identifiziert worden. Die weiteren Arbeitsschritte umfassen: Verbesserung der bestehenden zellbasierten Screening-Plattform, Identifizierung neuer Zielgene und Liganden, Etablierung und Durchführung präklinischer Validierungsgsschritte.Eine Auslizenzierung von Leitstrukturen für die Entwicklung eines neuen Arzneistoffes (Leads) an die Pharmaindustrie ist vorgesehen.

Verbundprojekt: Isolierung subgenomischer Bereiche für die individuelle Sequenzierung

Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg Grabengasse 1 69117 Heidelberg

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Dr. Dieter Weichenhahn 06221 56-7553 01GR0823 173.000 EUR 01.08.2008 - 29.02.2012

Helmholtz Zentrum München Deutsches Forschungszentrum für Gesundheit und Umwelt (GmbH) Ingolstädter Landstr. 1 85764 Oberschleißheim

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Dr. Tim-Matthias Strom 089 3187-3296 01GR0804 424.337 EUR 01.08.2008 - 31.12.2011

Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) Zentrale Einheiten für die Genom- und Proteomforschung Im Neuenheimer Feld 280 69120 Heidelberg

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Dr. Bernhard Korn 06221 42-4700 01GR0802 538.603 EUR 01.06.2008 - 31.12.2011

Der Verbund entwickelt eine universell einsetzbare Technologie zur Reduktion der Komplexität eukaryontischer Genome für die Hochdurchsatzsequenzierung (Next Generation Sequencing). Die gezielte Isolierung spezifischer genomischer Bereiche im Rahmen der Probenvorbereitung wird die Entschlüsselung komplexer Genome, wie z.B. des Menschen, durch Hochdurchsatzsequenzierungstechnologien vorantreiben und diese entscheidend effizienter und kostengünstiger gestalten. Die zu entwickelnde Technologie beruht auf einer Fraktionierung der Genome: eine spezifische Anreicherung gewünschter genomischer Elemente oder Regionen erfolgt durch Oligonukleotid-Mikroarray basierte Hybridisierung. Eine Anwendung der Technologie ist im klinischen und biomedizinischen Bereich vorgesehen. Die Validierung und weitere Optimierung der Selektionstechnologie erfolgt anhand klinisch relevanter Proben (Krebs, Herzerkrankungen, Parkinson) und ist für verschiedene Sequenzierungsplattformen vorgesehen. Schwerpunkte der Anwendungsentwicklung liegen in den Bereichen Mutations-, SNP- und Promotoranalysen durch Nano-Bisulfit-Sequenzierung.

Verbundprojekt: Herzinsuffizienztherapie - Von der Regulation der Genexpression zur Erkrankung: Decoy Oligodeoxynukleotid-Therapie der Herzinsuffizienz

Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg Medizinische Fakultät Institut für Physiologie und Pathophysiologie Im Neuenheimer Feld 326 69120 Heidelberg

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Prof. Dr.Markus Hecker 06221 54-4035 01GR0822 762.413 EUR 01.05.2008 - 31.12.2011

Der Verbund betreibt die präklinische Validierung von decoy Oligodeoxynukleotiden (ODNs) als neue Wirkstoffklasse zur Therapie der Herzinsuffizienz. Decoy ODNs interferieren mit der aberranten Expression krankheitsrelevanter Gene, indem sie gezielt den für die Expression dieser Gene verantwortlichen Transkriptionsfaktor hemmen. Drei Faktoren der Zieltranskription werden adressiert: AP-1, NF-IL6 und NFAT. Während die Avontec GmbH am Design und der Optimierung der decoy ODNs arbeitet, kümmert sich die Universität Heidelberg um die Identifizierung der myokardialen Zielgene der drei Transkriptionsfaktoren und um den Wirksamkeitsnachweis für die decoy ODNs in geeigneten in vitro und in vivo-Modellen. Weiterhin werden an der Universität Heidelberg parallel zwei verschiedene Strategien zur zellspezifischen systemischen Applikation der decoy ODNs evaluiert. Auf der Basis dieser Ergebnisse soll ein verkürztes Programm zur präklinischen Sicherheitsbewertung initiiert werden. Für das wirksamste decoy ODN könnte eine erste klinische Machbarkeitsstudie innerhalb von fünf Jahren nach Projektbeginn realisiert werden.

Verbundprojekt: Gesamtgenom- und Gesamttranskriptomampflifikation in großen Biobanken

Helmholtz Zentrum München Deutsches Forschungszentrum für Gesundheit und Umwelt (GmbH) Institut für Epidemiologie (EPI) Ingolstädter Landstr. 1 85764 Oberschleißheim

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

H.-Erich Wichmann 089 3187-4066 01GR0818 771.678 EUR 01.08.2008 - 30.09.2011

QIAGEN GmbH Qiagen Str. 1 40724 Hilden

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Christian Korfhage 02103 29-16265 01GR0817 627.988 EUR 01.08.2008 - 30.09.2011

Der Verbund befasst sich mit der Standardisierung, Validierung und Anwendung innovativer Methoden für die Gesamtgenom- und Gesamttranskriptom-Amplifikation (whole genome amplification - WGA, whole transcriptome amplification - WTA) im Rahmen große Biobankprojekte. Ziel ist die Entwicklung solcher Methoden, um sie besser in automatisierte Prozesse und für schwierige Startmaterialien nutzen zu können. Zudem wird die Entwicklung von Lösungen für die Standardisierung von WGA- und WTA-Reaktionen angestrebt. Weiterhin werden neue Prozesse für hochparalleles Arbeiten in Hochdurchsatz-Laboren entwickelt.  Der Verbund umfasst die folgenden Arbeitspakete: Standardisierung, WGA von getrockneten Blutspuren, WGA von DNA aus Blutplasma, WTA von RNA aus Formalin-fixiertem Paraffin-eingebettetem Gewebematerial, WTA von nicht gereinigter RNA, Anwendung und Evaluierung dieser Methoden für Hochdurchsatz-Screenings von Biobanken, Transfer der Ergebnisse zu nationalen und internationalen Organisationen im Biobankbereich.

Verbundprojekt: Metabolische Signaturen bei Herzinsuffizienz als neues diagnostisches Werkzeug

Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg Universitätsklinikum - Medizinische Klinik Abt. Innere Medizin III Im Neuenheimer Feld 410 69120 Heidelberg

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Prof. Dr. Hugo Katus 06221 56-8670 01GR0813 734.017 EUR 01.08.2008 - 31.12.2011

Metanomics GmbH Tegeler Weg 33 10589 Berlin

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Dr. Jens Fuhrmann 030 34807-128 01GR0812 738.730 EUR 01.08.2008 - 31.12.2011

Herzinsuffizienz ist die häufigste Herzkreislauf-Erkrankung in der westlichen Welt. In klinischen und tierexperimentellen Studien sollen durch Charakterisierung des "Metaboloms" des insuffizienten Herzens:
- neue Optionen für eine verbesserte oder frühzeitigere Diagnostik
- prädiktiktive Aussagen zur Krankheitsentwicklung sowie
- neue Erkenntnisse über molekulare Mechanismen und somit neue therapeutische Ansätze
gewonnen werden. In unabhängigen Kohorten ausgewählter Herzinsuffizienzpatienten werden metabolische Profile analysiert und mit klinischen Daten korreliert. Metabolische Daten einer Subgruppe werden mit genomweiten genetischen Daten verglichen. Transgene Mausmodelle mit Herzinsuffizienz (HI) werden in HI-suszeptible und HI-protektive Stämme eingezüchtet. Kardiale Funktion, metabolische Profile und Transkriptionsprofile werden untersucht und mit den Daten von Menschen verglichen. Unter Pharmakotherapie werden metabolische Veränderungen in HI-Mausmodellen untersucht. Ziel ist die Entwicklung eines klinisch einsetzbaren diagnostischen bzw. prognostischen Assays für die Herzinsuffizienz auf Basis metabolischer Parameter.

Verbundprojekt: NT-CVD - Neue Präventionsmaßnahmen für kardiovaskuläre Erkrankungen bei chronischer Niereninsuffizienz

Bayer HealthCare Aktiengesellschaft Forschungszentrum Bayer Schering Pharma BHC-GDD-TD-TRSM Aprather Weg 18 42113 Wuppertal

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Dr. Thomas Krahn 0202 364-125 01GR0811 1.274.335 EUR 01.07.2008 - 31.12.2011

EXcorLab GmbH Industrie Center Obernburg 63785 Obernburg a.Main

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Dr. Horst-Dieter Lemke 06022 81-2647 01GR0810 414.731 EUR 01.07.2008 - 31.12.2011

Max-Planck-Institut für molekulare Genetik  Abt. Genomik der Vertebraten Ihnestr. 73 14195 Berlin

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Prof. Dr. Hans Lehrach 030 8413-1220 01GR0809 439.440 EUR 01.07.2008 - 31.12.2011

Universität Duisburg-Essen Universitätsklinikum   Klinik für Nephrologie Hufelandstr. 55 45147 Essen

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Dr. Stefan Herget-Rosenthal 0201 723-84692 01GR0808 167.380 EUR 01.07.2008 - 31.12.2011

Charité - Universitätsmedizin Berlin Medizinische Klinik IV Abt. Endokrinologie und Nephrologie Hindenburgdamm 30 12203 Berlin

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Prof. Dr. Joachim Jankowski 030 8445-1771 01GR0807 928.620 EUR 01.07.2008 - 31.12.2011

Das Konsortium wird Proteomics, Peptidomics, Metabonomics und Genotypisierung verwenden, um den genetischen und physiologischen Hintergrund kardiovaskulärer Erkrankungen chronisch-niereninsuffizienter Patienten aufzuklären. Der Ansatz fokussiert sich auf Gewebeproben, Zellen und Körperflüssigkeiten, da die Zusammensetzung dieser Proben bei kardiovaskulären Erkrankungen chronischniereninsuffizienter Patienten hauptsächlich verändert ist. Das NTCVD verwendet dabei den weiterentwickelten genomischen Ansatz, um den Ursachen der extrem gesteigerten kardiovaskulären Morbidität und der Sterblichkeit chronisch-niereninsuffizienter Patienten (Stadium 3-5) entgegenzuwirken und um durch die molekulare Geno- und Phänotypisierung der betreffenden Patienten neue diagnostische Methoden sowie Therapeutika zu entwickeln. Um dieses Ziel zu erreichen, soll die Funktion jüngst identifizierter Mediatoren kardiovaskulärer Erkrankungen chronisch-niereninsuffizienter Patienten mit Hilfe von Bioassays und Pattern-Analyse bestimmt werden. Weiterhin sollen bisher noch nicht identifizierte Mediatoren kardiovaskulärer Erkrankungen isoliert und identifiziert werden. Die Ergebnisse dieses Ansatzes sollen in Zusammenarbeit mit den industriellen Partnern in neue diagnostische und therapeutische Anwendungen zur Prävention und Behandlung kardiovaskulärer Erkrankungen chronisch-niereninsuffizienter Patienten umgesetzt werden.

Verbundprojekt: Proteinanalysen in FFPE Gewebeproben

Technische Universität München Institut für Pathologie Trogerstr. 18 81675 München

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Dr. Karl-Friedrich Becker 089 4140-4591 01GR0805 1.817.572 EUR 01.07.2008 - 31.12.2011

Angestrebt wird die Integration einer eigenen Technologie zur Extraktion von intakten Proteinen aus Formalin-fixierten Gewebeproben in den klinischen Alltag, um die individualisierte molekulare Tumortherapie weiterzuentwickeln. Eine Fokussierung auf den Bereich Brustkrebs ist zunächst vorgesehen. Mit dem neuen methodischen Ansatz werden erstmals bekannte Krankheitsmarker in klinischen Gewebeproben exakt quantifiziert und neue Marker identifiziert. Der Arbeitsplan des Verbundes sieht die folgenden Arbeitsschritte vor: Zusammenstellung aller benötigten Gewebeproben; Bereitstellung der zugehörigen klinischen und histopathologischen Daten in einer zentralen Datenbank; Adaptation des Verfahrens für sensitive, quantitative und hochauflösende Proteomanalyse-Methoden zur Ermittlung krankheitsspezifischer, differentiell exprimierter Proteine und Proteinsignaturen; Korrelationen von quantitativen Proteindaten mit klinischen Daten und Herstellung von Prototypen-Kits. Die quantitative Bestimmung krankheitsspezifischer Marker für Brustkrebs soll mit geeigneten Partnern als diagnostisches Verfahren verwertet werden.

b) Abgeschlossene Vorhaben