Im Fokus des deutschen Engagements in europäischen und internationalen Kooperationen steht die Erforschung von altersbedingten und neurologischen Krankheiten, Prävention und Ernährung, Infektionskrankheiten, seltenen, vernachlässigten und armutsbedingten Erkrankungen sowie medizinischer Genomforschung und Systembiologie
Außerdem unterstützt das BMG die europäische Zusammenarbeit im Bereich der Gesundheitstelematik (grenzübergreifende Nutzung von eHealth-Technologien) durch die aktive Beteiligung an der hierfür gegründeten „eHealth-Governance-Initiative“, die einen Masterplan für den Ausbau grenzübergreifender eHealth-Dienste in Europa ausarbeiten soll.
Im Europäischen Strategieforum für Forschungsinfrastrukturen (ESFRI) vertritt das BMBF die deutschen Interessen und trägt so in Europa zum koordinierten Aufbau gemeinsamer Forschungsinfrastrukturen in den Lebenswissenschaften bei. Zurzeit werden mehrere Infrastrukturen konkretisiert, die hochrelevant für die Gesundheitsforschung sind: zur Entwicklung von Tiermodellen (INFRAFRONTIER), zur Koordinierung von Biobanken (BBMRI) und zur EU-weiten Durchführung
klinischer Studien (ECRIN). Weitere Infrastrukturinitiativen sind in Vorbereitung.
Ein besonderer Fokus der internationalen Ausrichtung des Rahmenprogramms Gesundheitsforschung liegt auf vernachlässigten und armutsbedingten Krankheiten. Diverse bereits eingeführte Förderinstrumente wie die nationale Projektförderung zur Erforschung von Infektionskrankheiten oder die Beteiligung an der europäischen Maßnahme EDCTP (European Developing Countries Clinical Trial Partnership) zur Durchführung klinischer Studien zu HIV/Aids, Tuberkulose und Malaria in Afrika werden in einem Förderkonzept aufeinander abgestimmt. Neue Förderansätze wie die Förderung von sogenannten Produktentwicklungspartnerschaften (PDP) – Non-Profit-Organisationen, die sich die Entwicklung von Impfstoffen, Diagnostika oder Therapien zum Ziel setzen – oder Kooperationen im Rahmen der G 8 bzw. G 20 zur Stärkung afrikanischer Forschungsnetze kommen hinzu.