Verbund

PROGRESS: Suszeptibilität bei Infektionen: Sepsis

Mit Hilfe molekularbiologischer Methoden (Genomik, Transkriptomik, Proteomik) werden prognostische Marker etabliert, die den Verlauf von Lungenentzündung bis hin zur schweren Sepsis vorhersagen helfen und zudem ein Therapiemonitoring ermöglichen sollen. Auf Verbundebene sollen Gene oder Genprodukte charakterisiert werden, die sich als Marker eignen. Die gewonnenen Erkenntnisse sollen zur Pathogeneseforschung herangezogen werden und zur Entwicklung von neuen Behandlungsstrategien beitragen.

Teilprojekte

"Proteom- und Immunoproteomscreening nach diagnostischen Signaturen für Community-acquired Pneumonia (CAP)" und "Plasmaproteomscreening nach Biomarkern für die Progression"

Förderkennzeichen: 01KI1010D
Gesamte Fördersumme: 512.123 EUR
Förderzeitraum: 2014 - 2019
Projektleitung: Prof. Dr. Uwe Völker
Adresse: Universitätsmedizin Greifswald, Interfakultäres Institut für Genetik und Funktionelle Genomforschung
Friedrich-Ludwig-Jahn-Str. 15 a
17489 Greifswald

"Proteom- und Immunoproteomscreening nach diagnostischen Signaturen für Community-acquired Pneumonia (CAP)" und "Plasmaproteomscreening nach Biomarkern für die Progression"

Ziel des Greifswalder Teils des Teilprojektes A3 des Verbundes ist es, die adaptive Immundantwort auf Streptococcus pneumoniae zu charakterisieren. Dazu werden sowohl die Proteinprofile infizierender Pneumokokkenstämme unter besonderer Beachtung der Zellwand- und sekretierten Proteine charakterisiert als auch die Antikörperprofile gegen Pneumokokkenantigene in einem personalisierten Immunoproteomansatz zu einem Vergleich infizierender Stämme mit individuellen Immunantworten aufgenommen. Komplementär dazu und zusätzlich zum ursprünglich beantragten Arbeitsprogramm wird im Auftrag des ganzen Konsortiums das Proteomprofiling von 560 humanen Plasmaproben ausgeführt, um diese Daten zur integrierten Biomarkersuche gemeinsam mit den Immunoproteom und Transkriptomdaten einsetzen zu können. Aufbauend auf die phänotypische und genotypische Charakterisierung von klinischen Pneumokokkenisolaten werden aus den Proteinfraktionen dieser Stämme durch eine Kombination von 2-D Elektrophorese und Massenspektrometrie Proteomreferenzkarten erstellt, um dann mit gelbasierten Immuno-proteomanalysen immundominante Proteine zu identifizieren. Kandidatenproteine werden dann mit der Luminextechnologie in größeren Probenkollektionen validiert. Komplementär erfolgt mit einem in Greifswald etablierten Proteomicsworkflow die Charakterisierung von 560 humanen Plasmaproben von Patienten, wobei der Fokus auf der Identifizierung mit dem Übergang zwischen verschiedenen Lungenentzündungs-Schweregraden assoziierten Proteomveränderungen liegt.

Abgeschlossen

Zentrale Plattform für Biometrie, Bioinformatik und Datenbanken (Teilprojekt B1)

Förderkennzeichen: 01KI1010I
Gesamte Fördersumme: 608.091 EUR
Förderzeitraum: 2011 - 2017
Projektleitung: Prof. Dr. Markus Löffler
Adresse: Universität Leipzig - Medizinische Fakultät, Institut für Medizinische Informatik, Statistik und Epidemiologie (IMISE)
Härtelstr. 16-18
04107 Leipzig

Zentrale Plattform für Biometrie, Bioinformatik und Datenbanken (Teilprojekt B1)

Das Teilprojekt B1 in Leipzig stellt die zentrale Infrastruktur für Speicherung und Analyse der klinischen, genotypischen und molekularen Daten aller in PROGRESS untersuchten Patienten zur Verfügung. Datenbanken, Datenerfassung & Datenmanagement: Hier wird die Infrastruktur für Erfassung, Speicherung und Management der hochdimensionalen wie auch klinischen Patientendaten bereitgestellt. Für klinische Daten und Querymanagement wird die bereits in SEPNET verwendete professionelle Studienmanagementsoftware verwendet. Für Speicherung und Analyse hochdimensionaler Daten wird ein bestehendes DataWarehouse benutzt und erweitert. Für einen vollständigen und qualitätsgeprüften Datenbestand wird ein Qualitätssicherungsprozess gemäß dem in klinischen Studien üblichen Standard etabliert.

Abgeschlossen

PROGRESS-Network Management (Teilprojekt B3)

Förderkennzeichen: 01KI07114
Gesamte Fördersumme: 2.760.543 EUR
Förderzeitraum: 2007 - 2017
Projektleitung: Prof. Dr. Norbert Suttorp
Adresse: Charité - Universitätsmedizin Berlin, Campus Virchow-Klinikum, Medizinische Klinik mit Schwerpunkt Infektiologie und Pneumologie
Augustenburger Platz 1
13353 Berlin

PROGRESS-Network Management (Teilprojekt B3)

Vorhabenziele sind die Implementation eines Qualitätsmanagementsystems, Qualitätskontrolle auf allen Prozessebenen, Treffen von Kooperationsvereinbarungen, intensive Schulung der Prüfärzte, Study Nurses und des Laborpersonals, Erstellung von SOPs im Sinne eines TQM, Monitoring der klinischen Zentren und des Probenverarbeitungsprozesses sowie Öffentlichkeitsarbeit. Ziel ist die Entwicklung eines prognostischen Modells zur Abschätzung des Krankheitsverlaufs auf der Basis phänotypischer und molekularer Daten. Durch den Vergleich von Genom-,Transkriptom-und Proteomdaten sowie durch die Einbeziehung von phänotypischen Daten sollen Einblicke in die Krankheitsmechanismen möglich werden.

Abgeschlossen

Teilprojekte A2.1, B2, C6

Förderkennzeichen: 01KI07111
Gesamte Fördersumme: 1.754.404 EUR
Förderzeitraum: 2007 - 2017
Projektleitung: Prof. Dr. Konrad Reinhart
Adresse: Universitätsklinikum Jena, Klinik für Anästhesiologie und Intensivtherapie
Erlanger Allee 101
07747 Jena

Teilprojekte A2.1, B2, C6

Untersucht werden immunologische Zusammenhänge der Übergänge zwischen Pneumonie, schwerer Pneumonie und Sepsis. Dazu sollen eine Biomaterialbank etabliert und Genexpressionsanalysen sowohl im Mausmodell als auch bei Patienten durchgeführt werden. TP A.2.1 beinhaltet Genexpressionsanalysen bei 480 Patienten mit ambulant oder hospital erworbener Pneumonie verschiedener Schweregrade sowie von Kontrollpatienten ohne Pneumonie. TP B2 entwickelt Standards für Probenentnahme, Probenidentifizierung und Lagerung; etabliert eine Infrastruktur für die Gewinnung von Biomaterialien; überwacht die Probenentnahme und Lagerung und verteilt Aliquots an die Projektpartner. TP C6 führt Genexpressionsanalysen bei Mäusen mit Pneumonie durch S. pneumoniae, Sepsis durch S. pneumoniae bzw. Sepsis bei Peritonitis durch. Es soll ein diagnostisches Werkzeug zur Früh- und Differentialdiagnose der Pneumonie entwickelt werden.

Abgeschlossen

Genomics (Teilprojekt A.1) und Transcriptomics (Teilprojekt A2.2)

Förderkennzeichen: 01KI07110
Gesamte Fördersumme: 2.754.066 EUR
Förderzeitraum: 2007 - 2017
Projektleitung: Prof. Dr. Trinad Chakraborty
Adresse: Justus-Liebig-Universität Gießen, Fachbereich Medizin, Institut für Medizinische Mikrobiologie
Frankfurter Str. 107
35392 Gießen

Genomics (Teilprojekt A.1) und Transcriptomics (Teilprojekt A2.2)

TP A.1 umfasst die Identifizierung der genetischen Faktoren, die an der Progression einer ambulant erworbenen Pneumonie in eine schwere Pneumonie und Sepsis beteiligt sind. TP A2.2 umfasst die Identifizierung von frühen diagnostischen Markern bei Frühgeborenen mittels Transkriptomanalyse, die die Progression des Atemnotsyndroms in eine frühe Neugeborenensepsis (EOSP) anzeigen.