Verbund

de.NBI - Etablierungsphase: Leistungszentrum BioData - Biodatenbanken

Innerhalb des Gesamtkonzeptes des de.NBI Projektes beschäftigt sich dieses Verbundprojekt mit Datenbanken und der Frage, wie die vier Datenbanken SILVA, PANGAEA, BacDive und BRENDA in das Gesamtkonzept zu integrieren sind. Die Datenbank SILVA stellt ribosomale RNA-Gen-Datensätze für die Domänen Bacteria, Archaea und Eukarya zur Verfügung; PANGAEA ist eine umfangreiche Sammlung diverser Umweltdaten (biologische Daten zur Diversität, Vorkommen, und Verteilung von Organismen und von biochemischen Molekülen). Die Datenbank BacDive bietet Organismus-gebundene Informationen zu allen relevanten Aspekten der bakteriellen Biodiversität. Das BRENDA-Enzyminformationssystem schließlich ist das weltweit wichtigste Portal für allumfassende Daten zu Enzymen, ihrem Vorkommen, ihrer Wirkungsweise, ihrer Struktur und ihrem Aktivitätsspektrum.

Teilprojekte

Teilprojekt Bremen I

Förderkennzeichen: 031A539A
Gesamte Fördersumme: 1.746.526 EUR
Förderzeitraum: 2015 - 2021
Projektleitung: Prof. Dr. Frank Oliver Glöckner
Adresse: Jacobs University Bremen gGmbH
Campus Ring 1
28759 Bremen

Teilprojekt Bremen I

Teilprojekt Bremen II

Förderkennzeichen: 031A539B
Gesamte Fördersumme: 618.899 EUR
Förderzeitraum: 2015 - 2021
Projektleitung: Janine Felden
Adresse: Universität Bremen - Fachbereich 05 Geowissenschaften - Zentrum für Marine Umweltwissenschaften (MARUM)
Leobener Str. 8
28359 Bremen

Teilprojekt Bremen II

Teilprojekt Braunschweig I

Förderkennzeichen: 031A539C
Gesamte Fördersumme: 979.701 EUR
Förderzeitraum: 2015 - 2021
Projektleitung: Prof. Dr. Jörg Overmann
Adresse: Leibniz-Institut DSMZ - Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH
Inhoffenstr. 7 B
38124 Braunschweig

Teilprojekt Braunschweig I

Teilprojekt Braunschweig II

Förderkennzeichen: 031A539D
Gesamte Fördersumme: 1.748.370 EUR
Förderzeitraum: 2015 - 2021
Projektleitung: Prof. Dr. Jahn Dieter
Adresse: Technische Universität Carolo-Wilhelmina zu Braunschweig - Fakultät 2 - Lebenswissenschaften - Institut für Biochemie und Biotechnologie - Abteilung Bioinformatik und Biochemie
Rebenring 56
38106 Braunschweig

Teilprojekt Braunschweig II

de.NBI - Partner: Integrierte Webservices zur Unterstützung strukturbasierter, lebenswissenschaftlicher Forschung in der Protein-Biochemie, insbesondere Enzymologie

Förderkennzeichen: 031L0105
Gesamte Fördersumme: 499.768 EUR
Förderzeitraum: 2016 - 2021
Projektleitung: Prof. Dr. Matthias Rarey
Adresse: Universität Hamburg - Fakultät für Mathematik, Informatik und Naturwissenschaften - Zentrum für Bioinformatik (ZBH)
Bundesstr. 43
20146 Hamburg

de.NBI - Partner: Integrierte Webservices zur Unterstützung strukturbasierter, lebenswissenschaftlicher Forschung in der Protein-Biochemie, insbesondere Enzymologie

Das vorliegende de.NBI-Partner-Einzelprojekt verfolgt das Ziel, allen Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern Proteinstrukturdaten im Bereich der modernen Lebenswissenschaften einfach zugänglich und nutzbar zu machen. Dafür soll die Protein-Datenbank PDB, die sich bereits als weltweit zentraler Knotenpunkt für Experimentaldaten in diesem Bereich etabliert hat, ausgebaut werden. Im Rahmen des Projekts sollen die in der PDB bereits vorhandenen Strukturdaten mit wichtigen, automatisierten Präprozessierungsverfahren angereichert werden, die für die Nutzung der Daten in der biotechnologischen Forschung notwendig sind. Insbesondere sollen Suchverfahren entwickelt werden, die eine gezielte Auswahl forschungsrelevanter Proteine auf der Basis von Struktureigenschaften ermöglichen würden. Die Schwerpunkte liegen dabei auf der Betrachtung aktiver Zentren und Interaktionen zu niedermolekularen Substanzen wie Substrate, Co-Faktoren und Inhibitoren. Als Entwicklungsbasis dient der am Zentrum für Bioinformatik in Hamburg etablierte "ProteinsPlus-Server".

Das Projekt gliedert sich in drei Phasen: In der ersten Phase erfolgt die Spezifikation des Gesamtfunktionsumfangs. Alle Funktionen werden in drei Kategorien eingeteilt, und es erfolgt vor allem die Planung und Umsetzung der Schnittstelle zwischen dem ProteinsPlus-Server und anderen Servern. In der zweiten Phase ist u.a. der Aufbau einer Suche auf der Basis von Bindetaschenvergleichen geplant. In der dritten Phase wird schließlich im Wesentlichen die Suchfunktion finalisiert, so dass die Benutzerinnen und Benutzer weitestgehend selbsterklärend durch einen Daten-Vorbereitungsprozess geleitet werden. In allen drei Phasen werden begleitend Kursmaterialen und entsprechende Weiterbildungsangebote im Bereich der Protein-Strukturbioinformatik entwickelt.