Verbund

de.NBI - Etablierungsphase: Leistungszentrum HD-HuB – Heidelberg Center for Human Bioinformatics

Innerhalb des Deutschen Netzwerks für Bioinformatik Infrastruktur (de.NBI) hat das Leistungszentrum „HD-HuB – Heidelberg Center for Human Bioinformatics“ das Ziel, Infrastruktur und Know-how in den drei Anwendungsgebieten „Humane Genetik und Genomik“, „Humane Mikrobiomik“ und „Systematische Phänotypisierung von Humanen Zellen“ zur Verfügung zu stellen. Darüber hinaus bietet HD-HuB Lehre und Weiterbildungsaktivitäten in der Bioinformatik an.

Im Rahmen des Leistungszentrums ist dabei ein inter-institutionelles Team für Management, Lehre und Kundenbetreuung verantwortlich. Die breite technische Expertise dieses Teams stellt die Integration aller Themen und Institutionen von HD-HuB sicher; gleichzeitig arbeitet es eng mit den anderen de.NBI-Einheiten zusammen. Darüber hinaus ist dieses Team für Lehre, Outreach und ein einheitliches Webportal zuständig. Ein zentrales technisches Team ist für den Aufbau und die Instandhaltung der notwendigen Infrastruktur sowie für die Anpassung und Entwicklung von Arbeitsabläufen und Pipelines für die de.NBI Nutzergemeinde zuständig.

Jedes Anwendungsgebiet in HD-HuB wird durch ein spezifisches Arbeitspaket abgedeckt, das durch einen zugehörigen Bioinformatik-Spezialisten in diesem Gebiet ausgeführt wird. Diese Vorgehensweise stellt eine enge Zusammenarbeit zwischen den aktiven Forschungsgruppen der jeweiligen Bereiche und dem zentralen HD-HuB-Team sicher, dessen zentrale Aufgabe der schnelle Transfer von neuen Methoden aus der Forschung in die de.NBI Nutzergemeinde ist.

Teilprojekte

Teilprojekt Heidelberg I

Förderkennzeichen: 031A537A
Gesamte Fördersumme: 3.831.468 EUR
Förderzeitraum: 2015 - 2021
Projektleitung: Prof. Dr. Michael Boutros
Adresse: Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) - Abteilung Theoretische Bioinformatik B080
Im Neuenheimer Feld 280
69120 Heidelberg

Teilprojekt Heidelberg I

Teilprojekt Heidelberg II

Förderkennzeichen: 031A537B
Gesamte Fördersumme: 2.744.415 EUR
Förderzeitraum: 2015 - 2021
Projektleitung: Prof. Dr. Peer Bork
Adresse: Europäisches Laboratorium für Molekularbiologie (EMBL)
Meyerhofstr. 1
69117 Heidelberg

Teilprojekt Heidelberg II

Teilprojekt Heidelberg III

Förderkennzeichen: 031A537C
Gesamte Fördersumme: 5.286.905 EUR
Förderzeitraum: 2015 - 2021
Projektleitung: Prof. Dr. Robert Russell
Adresse: Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg - BioQuant Zentrum
Im Neuenheimer Feld 267
69120 Heidelberg

Teilprojekt Heidelberg III

Teilprojekt Berlin

Förderkennzeichen: 031A537D
Gesamte Fördersumme: 3.758.453 EUR
Förderzeitraum: 2018 - 2021
Projektleitung: Prof. Dr. Roland Eils
Adresse: Berliner Institut für Gesundheitsforschung - Zentrum Digitale Gesundheit
Kapelle-Ufer 2
10117 Berlin

Teilprojekt Berlin

HD-HuB-Partnerprojekt de.NBI-epi: Teilprojekt Heidelberg

Förderkennzeichen: 031L0101A
Gesamte Fördersumme: 380.001 EUR
Förderzeitraum: 2016 - 2021
Projektleitung: Prof. Dr. Benedikt Brors
Adresse: Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) - Angewandte Bioinformatik
Berliner Str. 41
69120 Heidelberg

HD-HuB-Partnerprojekt de.NBI-epi: Teilprojekt Heidelberg

Das de.NBI-Partner-Verbundprojekt de.NBI-epi möchte Verbesserungen bei der Bioinformatik-Infrastruktur auf dem Forschungsgebiet der Epigenetik erreichen. Die Epigenetik befasst sich mit der Frage, welche Faktoren die Aktivität eines Gens – und damit die Entwicklung der Zelle – bestimmen. Verfahren zur computergestützten Analyse von epigenetischen Daten existieren bereits; ihre Benutzung ist jedoch Expertinnen und Experten vorbehalten. Auch ist die Integration von Daten aus verschiedenen Analysewerkzeugen aufgrund des Fehlens von definierten Schnittstellen extrem aufwändig und kompliziert.

Unter dem Dach von de.NBI soll eine Bioinformatik-Infrastruktur etabliert werden, die künftig auch Arbeitsgruppen mit Epigenetik-Fragestellungen unterstützt. Die neue Infrastruktur soll den Forscherinnen und Forschern dabei helfen, Daten aus Experimenten mit Arrays oder Next-Generation-Sequenzing nach bestmöglichen Standards durchzuführen und auszuwerten. Dafür soll die Nutzung von bereits existierenden Verfahren für Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler einfacher und besser gemacht werden. Insbesondere ist geplant, die integrative Analyse der Ergebnisse zur erleichtern und Referenzdatensätze einheitlich anzubinden. Die geplanten Maßnahmen sollen zusätzlich durch Trainingsprogramme flankiert werden, in denen sowohl die theoretischen Grundlagen als auch praktische Fähigkeiten zur Analyse vermittelt werden.

HD-HuB-Partnerprojekt de.NBI-epi: Teilprojekt Saarbücken

Förderkennzeichen: 031L0101D
Gesamte Fördersumme: 448.538 EUR
Förderzeitraum: 2016 - 2021
Projektleitung: Prof. Dr. Jörn Walter
Adresse: Universität des Saarlandes - Professur für Genetik / Epigenetik
Campus, Geb. A2 4
66123 Saarbrücken

HD-HuB-Partnerprojekt de.NBI-epi: Teilprojekt Saarbücken

Das de.NBI-Partner-Verbundprojekt de.NBI-epi möchte Verbesserungen bei der Bioinformatik-Infrastruktur auf dem Forschungsgebiet der Epigenetik erreichen. Die Epigenetik befasst sich mit der Frage, welche Faktoren die Aktivität eines Gens – und damit die Entwicklung der Zelle – bestimmen. Verfahren zur computergestützten Analyse von epigenetischen Daten existieren bereits; ihre Benutzung ist jedoch Expertinnen und Experten vorbehalten. Auch ist die Integration von Daten aus verschiedenen Analysewerkzeugen aufgrund des Fehlens von definierten Schnittstellen extrem aufwändig und kompliziert.

Unter dem Dach von de.NBI soll eine Bioinformatik-Infrastruktur etabliert werden, die künftig auch Arbeitsgruppen mit Epigenetik-Fragestellungen unterstützt. Die neue Infrastruktur soll den Forscherinnen und Forschern dabei helfen, Daten aus Experimenten mit Arrays oder Next-Generation-Sequenzing nach bestmöglichen Standards durchzuführen und auszuwerten. Dafür soll die Nutzung von bereits existierenden Verfahren für Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler einfacher und besser gemacht werden. Insbesondere ist geplant, die integrative Analyse der Ergebnisse zur erleichtern und Referenzdatensätze einheitlich anzubinden. Die geplanten Maßnahmen sollen zusätzlich durch Trainingsprogramme flankiert werden, in denen sowohl die theoretischen Grundlagen als auch praktische Fähigkeiten zur Analyse vermittelt werden.