Verbund

de.NBI-Partner: ModSim - Ressourcen, Dienstleistungen und Entwicklungen für die systembiologische Modellierung

Mit dem de.NBI-Partner-Verbundprojekt ModSim sollen dem de.NBI-Netzwerk nun auch Methoden und integrierte Software-Werkzeuge hinzugefügt werden, die der Konstruktion, der Simulation und der Analyse mathematischer Modelle von biologischen Systemen dienen. Mit der Integration dieses wichtigen Teilgebietes der Bioinformatik können dann im Rahmen von de.NBI zukünftig auch Dienstleistungen und leistungsstarke Ressourcen im Bereich der systembiologischen Modellierung angeboten werden.

Das Verbundprojekt ModSim wird sich im Wesentlichen mit den beiden Modellierungswerkzeugen COPASI und CellNetAnalyzer beschäftigen. Diese sollen als neue Ressourcen innerhalb des de.NBI-Netzwerkes bereitgestellt werden. Es ist zudem vorgesehen, einen erweiterten Benutzersupport aufzubauen und zu unterhalten sowie verschiedene Trainingskurse und Workshops im Bereich der systembiologischen Modellierung auszuarbeiten und anzubieten. Dabei könnten interessierte Nutzerinnen und Nutzer in die verschiedenen Techniken der Modellierung von zellulären Systemen und Netzwerken eingeführt werden. Auch der Umgang mit COPASI und CellNetAnalyzer soll so praxisnah vermittelt werden. Schließlich ist vorgesehen, de.NBI-relevante Weiterentwicklungen an COPASI und CellNetAnalyzer vorzunehmen. So sollen u.a. Standardisierungen von Modell- und Simulationsbeschreibungen eingeführt werden, die im bereits existierenden de.NBI-Knoten NBI-SysBio ausgearbeitet worden sind. Zudem soll untersucht werden, welche Schnittstellen zwischen bereits existierenden Ressourcen des de.NBI-Netzwerkes und COPASI bzw. CellNetAnalyzer eingerichtet werden können, um bestimmte Funktionalitäten zu integrieren. Weitere Erweiterungen in COPASI oder CellNetAnalyzer könnten – sofern verstärkt nachgefragt und im Rahmen des Projektes realisierbar – implementiert werden.