Teilprojekt eines Verbundes

In silico Multiomics Modellierung von Signalwegen bei der Herzregeneration

Förderkennzeichen: 01ZX1409B
Fördersumme: 394.437 EUR
Förderzeitraum: 2015 - 2018
Projektleitung: Dr. Dr. Melanie Börries
Adresse: Albert-Ludwigs-Universität Freiburg, Medizinische Fakultät, Institut für Molekulare Medizin und Zellforschung, Nachwuchsgruppe Busch/Börries
Stefan-Meier-Str. 17
79104 Freiburg

Die Herzregeneration ist ein komplexer Prozess, der auf verschiedenen Raum- und Zeitskalen abläuft. Generell findet Herzregeneration bei einem Myokardinfarkt in Säugetieren nur sehr limitiert im Bereich der Infarzierung statt, wobei schlussendlich das infarzierte Gewebe in eine nicht suffiziente Narbe umgewandelt wird. Der Zebrafisch hingegen beginnt nachfolgend mit der Auflösung des Narbengewebes, induziert Herzmuskelzellteilung und stellt entsprechend die Herzform und Funktion komplett wieder her. Die unterschiedlichen Antworten von Zebrafisch, Maus, Schwein und Mensch nach einem Myokardinfarkt soll genutzt werden, um mittels Hochdurchsatzverfahren einen Einblick in die Regulation von Genen, Proteinen und epigenetischen Prozessen zu bekommen. Dafür werden zeitlich aufgelöste Omics Daten von Zebrafisch und Maus nach  Myokardinfarkt aufgenommen und analysiert. Ein besonderer Fokus wird die Entschlüsselung des dynamischen Zwischenspiels von Genen, Proteinen und Zellen während der Organheilung in den unterschiedlichen Tiermodellen sein. Diese werden wir durch regressionsbasierte Analysen und logische Multiskalenmodelle angehen. Diese detaillierten Vergleiche werden neue Gene und Moleküle und deregulierte Signalwege aufdecken, die den Verlust der Herzregeneration im erwachsenen Maus- und Schweineherzen erklären können. Im Arbeitspaket 1 werden die unterschiedlichen quantitativen Omics-Daten integriert und analysiert, um einen ganzheitlichen Überblick über die genetischen, epigenetischen und miRNA Veränderungen im Zebrafisch-, Maus- und Schweineherz während der Regeneration zu erlangen. Im 2. Arbeitspaket wird ein mechanistisches odell der molekularen Prozesse der Herzregeneration erstellt, indem differentiell regulierte Gene, Transkriptionsfaktoren und Proteine in einem zellweiten, globalen Proteininteraktionsnetzwerk kombiniert werden.