Neu auftauchende Krankheiten stellen ein ernstzunehmendes Gesundheitsrisiko für den Menschen dar. Während viele Viren, die ursprünglich in tierischen Wirten zirkulieren, mittlerweile in der menschlichen Population weit verbreitet sind, ist der Mensch für viele zoonotische Viren ein sogenannter Fehl- oder nicht definitiver Wirt. Bei Infektionen mit letztgenannten Viren unterbleibt in der Regel eine effiziente Übertragung von Mensch zu Mensch. Durch genetische Veränderungen getrieben entwickeln sich Viren jedoch weiter und erschließen neue Wirtsorganismen. Genetische Plastizität und enorme Populationsgrößen erlauben RNA-Viren den Übergang in alternative Wirtsorganismen, die außerhalb ihres gewöhnlichen Verbreitungswegs bzw. endemischen Zyklus sind. Die zugrundeliegenden genetischen Faktoren für dieses "Entwischen" und die Akquirierung neuer Wirte sind bislang nicht ausreichend verstanden. Virale Sequenzen von mit zoonotischen Pathogenen infizierten Menschen bieten Einblicke in eine entscheidende Phase der Adaption an einen neuen Wirtsorganismus und sind von unschätzbarem Wert für das Verständnis neu entstehender Infektionen. Bislang sind solche wichtigen Sequenzinformationen rar, da es häufig schwierig oder unmöglich ist, virale Sequenzen von ausreichender Qualität aus klinischen Proben zu gewinnen. Übergeordnetes Ziel des Projekts ist es, Einblicke in den Prozess der Adaption von Viren im menschlichen Wirt zu erlangen. Dabei sollen virale Populationen vor und nach dem Übertritt vom Tier zum Menschen untersucht werden, um damit den evolutionären Flaschenhals, den die Überwindung der Speziesbarriere darstellt, besser zu verstehen. Während des Projekts werden die genetische Vielfalt von zwei zoonotischen Viren, dem Puumala-Virus und dem MERS-Coronavirus in menschlichen und tierischen Proben untersucht. Im Fall des MERS-Coronavirus wird zusätzlich die Entwicklung der genetischen Vielfalt nach Eintritt in den menschlichen Wirt im Laufe der Zeit verfolgt.