DNA

Standort GSF

GSF-Forschungszentrum für Umwelt und Gesundheit GmbH Ingolstädter Landstr. 1 85764 Oberschleißheim

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Prof. Dr. Thomas Meitinger 089 31873294 01GR0411 956.441 EUR 01.11.2004 - 31.05.2008

Am Standort GSF München der Nationalen Genotypisierungsplattform werden Strategien und Methoden zur Bearbeitung von Genkartierungs- und Genidentifizierungprojekten bei komplexen Erkrankungen in Zusammenarbeit mit klinischen Kooperationspartnern entwickelt. Zwei Massenspektrometer der Firma SEQUENOM werden zur Genotypisierung eingesetzt. Die Anlage wurde im NGFN-1 etabliert. Im zweiten Arbeitspaket soll die Durchführung umfangreicher Genotypisierungsprojekte gemeinsam mit den Projektpartnern optimiert werden. Die Verwertung erfolgt über gemeinsame wissenschaftliche Publikationen und über Patentanmeldungen zu technischen Neuerungen sowie über die Ermittlung von Targets im Rahmen der Identifizierung von genetisch bedingten Risikofaktoren.

Standort Kiel

Christian-Albrechts-Universität zu Kiel Institut für klinische Molekularbiologie Schittenhelmstr. 12 24105 Kiel

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Prof. Dr. Stefan Schreiber 0431 597-2350 01GR0412 1.008.327 EUR 01.10.2004 - 31.05.2008

Das Universitätsklinikum Schleswig-Holstein ist Standort eines Teils der Nationalen Genotypsierungsplattform. Kooperierenden Projekten werden SNPs zur Verfügung gestellt. Die DNA-Varianten werden aus kooperierenden Projekten benannt. DNA wir zur Typisierung vorbereitet und entweder mittels TaqMan- oder SNPIex Technologie genotypisiert. Die zur Verfügung stehende Kapazität wird schrittweise bis auf 300.000 SNP-Genotypen/Tag gesteigert. Die Preise für Genotypisierungen werden über die Nationale Genotypisierungsplattform einheitlich bekannt gegeben. Eine Verwertung erfolgt vorzugsweise durch Publikation in wissenschaftlichen Fachzeitschriften. Kommerziell interessante Ergebnisse (Diagnostik/Therapie) werden patentiert und können so Gegenstand von Ausgründungen werden oder bestehende Ausgründungen verstärken. Die Verwertung erfolgt durch die kooperierenden Projekte.

Standort MPIMG, Berlin

Max-Planck-Institut für molekulare Genetik Ihnestr. 63-73 14195 Berlin

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Dr. Ralf Sudbrak 030 84131612 01GR0414 5.026.732 EUR 01.11.2004 - 31.12.2008

Gegenstand des Teilvorhabens der SMP-DNA am MPIMG ist neben der Koordination des SMP-DNA (1), die Analyse von SNPs und deren Haplotypen, die bioinformatische Vorhersage regulatorischer Bereiche der DNA und die Analyse der In-vivo-Aktivität von Promotoren in der Maus. Mit Hilfe der vergleichenden, evolutionären Sequenzanalyse werden Promotorregionen vorhersagt und mit Daten aus der CORG-Datenbank, in der upstream-Bereiche von orthologen Mensch- und Mausgenen katalogisiert werden, abgeglichen (2). Die In-vivo-Verifizierung der bioinformatorisch vorhergesagten Promoterregionen erfolgt durch Klonierung der Bereiche in Reportersysteme und die Analyse der Aktivität in Mausembryonen (3). Eine Weiterentwicklung und Durchführung von SNP-Analysen erfolgt innerhalb der Nationalen Genotypisierungsplattform (MALDI-TOF, GOOD Assay) (4). Eine Referenzressource von haploiden Genomen wird hergestellt, um unterschiedliche Ansätze zur Haplotypenanalyse zu evaluieren (5). Die Haplotyp-Referenz-Ressource und Daten der Promotor-Informatik werden Partnern im NGFN zur Verfügung gestellt. Ergebnisse des Vorhabens sollen nach Überprüfung ihrer Patentierbarkeit veröffentlicht werden.

Standort MDC, Berlin

Stiftung Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin (MDC) Robert-Rössle-Str. 10 13125 Berlin

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Dr. Norbert Hübner 030 9406-2530 01GR0415 904.197 EUR 01.11.2004 - 31.05.2008

Vohabensziele: Die Vorhaben der SMP-DNA am MDC untergliedern sich in zwei Teilprojekte: 1) Im Modellorganismus Ratte werden 50.000 SNPs identifiziert und eine detaillierte Haplotyp-Karte für die homologen Regionen des menschlichen Chromosoms 21, das von Bedeutung für klinisch wichtige Parameter und Trisomie 21 ist, etabliert. 2) Das Gene Mapping Center am MDC stellt Hochdurchsatz-Kapazitäten für SSLP und SNP-Mapping für genomweite Linkage- und Assoziationsstudien für Partner im NGFN zur Verfügung und fungiert als eines von fünf Zentren, die die so genannte Nationale Genotypisierungsplattform bilden. Arbeitsplanung: 1) Aus den ermittelten SNPs werden 1100 gleichmäßig verteilte SNPs ausgewählt, die den homologen Regionen des menschlichen Chromosoms 21 entsprechen, und in 50 verschiedenen Rattenstämmen genotypisiert. 2) Genomweite Linkage- und Assoziations-Analysen werden mit Mikrosatellitenmarkern und/oder SNP-Arrays durchgeführt. Dazu stehen gegenwärtig 10 K und 100 K Arrays von Affymetrix zur Verfügung. Geplante Ergebnisverwertung: 1) Die Ergebnisse sollen zukünftig auf menschliche Populationen übertragen werden; 2) Die Verwertung der Ergebnisse aus den human Linkage- und Assoziationsstudien liegt in der Verantwortung des Kooperationspartners im NGFN. Ergebnisse des Vorhabens sollen nach Überprüfung ihrer Patentierbarkeit veröffentlicht werden.

Standort Köln

Universität zu Köln Zentrum für funktionelle Genomforschung Zülpicher Str. 47 50674 Köln

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Dr. Peter Nürnberg 0221 470-7821 01GR0416 149.814 EUR 01.11.2004 - 31.05.2008

Die Nationale Genotypisierungsplattform unterstützt die NGFN-Partner aus den kranheitsorientierten Genomnetzen bei der Umsetzung ihrer Projekte zur Identifizierung krankheitsrelevanter Gene mit einem breiten Angebot unterschiedlicher Genotypisierungstechnologien. Der Standort an der Universität Köln trägt insbesondere die Verantwortung für die Durchführung genomweiter Scans mittels SNP-Arrays von Affymetrix und Mikrosatellitenanalysen. Im Verbund mit den anderen Zentren werden zusätzlich Kandidatengenstudien mittels Pyrosequencing durchgeführt. Es stehen Marker-Sets für Mensch, Maus und  Ratte zur Verfügung. Die biostatistische Auswertung der Daten zur Ermittlung von Kopplungs- und Assoziationssignalen erfolgt in Zusammenarbeit mit den zuständigen GEMs (Genetisch-Epidemiologische Methodenzentren). Die Identifizierung von Genen, die für komplexe Erkrankungen prädisponieren, eröffnet neue Möglichkeiten für die Krankheitsvorsorge und Therapie. Die Ergebnisse können patentiert und lizenziert sowie publiziert werden. Die Verwertung der Ergebnisse erfolgt in Zusammenarbeit mit der Koordinierungsstelle Technologie-Transfer (KTT) im Einklang mit den NGFN-Richtlinien.

Standort DKFZ, Heidelberg

Stiftung Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) Im Neuenheimer Feld 280 69120 Heidelberg

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Prof. Dr. Peter Lichter 06221 42-469 01GR0417 960.507 EUR 01.11.2004 - 31.05.2008

Die Teilvorhaben der SMP-DNA am DKFZ zielen auf eine integrierte Anwendung von zwei Hochdurchsatz-Technologien der Genomanalyse: Die Matrix-CGH (Comparative Genomic Hybridization), mit einem BAC-Array der schon im NGFN-1 entwickelt wurde, erlaubt eine hochauflösende Untersuchung von Tumorzellgenomen und die Identifizierung der durch chromosomale Instabilität entstandenen DANN-Amplifikationen und Deletionen. Serien multipler Myelome und Magenkarzinome sollen so untersucht werden, um Kandidatengene zu identifizieren, die eine Rolle in der Tumorpathogenese spielen und als prognostische Marker für die Vorhersage eines Therapieerfolges genutzt werden können. In Gewebemikroarrays (TMA) wird mit immunhistochemischen Verfahren die Proteinexpression der identifizierten Kandidatengene in einer großen Anzahl von definierten Tumoren analysiert und die klinische Relevanz der Kandidaten getestet. Weiterentwicklungen der TMA-Technologie sollen die Analyse von Zellen in Suspension erlauben (CMA) und das Maß an Automation in der Bilderfassung und Datenanalyse erhöhen.  Weiterführende Ergebnisse werden in der Technologieentwicklung, der Automatisierung von Hochdurchsatzverfahren und in der Identifizierung neuer klinisch-prognostischer Marker für die Krebstherapie erwartet. Ergebnisse sollen nach Überprüfung ihrer Patentierbarkeit veröffentlicht werden.

Standort IMB Jena

Leibniz-Institut für Altersforschung Fritz-Lipmann-Institut e.V. (FLI) Beutenbergstr. 11 07745 Jena

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Dr. Matthias Platzer 03641 65-6241 01GR0504 1.202.508 EUR 01.07.2005 - 30.06.2008

Das GGSAC (German Genome Sequencing Analysis Consortium) mit den Standorten MPIMG Berlin, IMB Jena und GBF Braunschweig wird im Rahmen einer internationalen Kooperation ca. 40 Mb finaler Sequenz vom Schimpansen-X-Chromosom erstellen (TP2.2). Lücken in der NIH-Arbeitsversion des Schimpansengenoms, welche weniger als 2 kb umspannen, sollen mit Hilfe von PCR-Ansätzen auf der genomischen DNA bzw. auf BAC-Klonen der RPCI-43 und PTB1-Bibliotheken geschlossen werden. Die entsprechenden Klone der Datenbanken werden durch Endsequenzierung oder Hybridisierung von Klonfiltern identifiziert. Das Schließen von Lücken größer 2 kb erfolgt durch long-range-PCR oder Sequenzierung ausgewählter BAC-Klone. Zusammen mit dem MPIMG in Berlin wird NGFN-2-Partnern außerdem eine Plattform zur Hochdurchsatz-Bestimmung von Sequenzvariationen (Mutationen, Polymorphismen) in Krankheits- und Kandidatengenen angeboten (TP16.2). Alle Daten werden den NGFN-2-Partnern zur Verfügung gestellt und nach abschließender Annotation und Analyse unmittelbar in öffentlichen Datenbanken zugänglich gemacht. Die wirtschaftliche Verwertung von Krankheitsgenen, genetischen Variationen sowie Verfahrensentwicklungen, welche nur in beschränktem Maße im vorgesehenen Kostenrahmen möglich sind, wird durch die Technologietransferstelle im NGFN abgewickelt.

Standort GBF Braunschweig

Gesellschaft für Biotechnologische Forschung mit beschränkter Haftung (GBF) Mascheroder Weg 1 38124 Braunschweig

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Dr. Helmut Blöcker 0531 6181220 01GR0505 700.000 EUR 01.07.2005 - 31.12.2008

Das GGSAC (German Genome Sequencing Analysis Consortium) mit den Standorten MPIMG Berlin, IMB Jena und GBF Braunschweig wird im Rahmen einer internationalen Kooperation ca. 40 Mb finaler Sequenz vom Schimpansen-X-Chromosom bestimmen. Alle Daten werden den NGFN-2-Partnern zur Verfügung gestellt und nach abschließender Annotation und Analyse unmittelbar in öffentlichen Datenbanken zugänglich gemacht.