GEM

Standort Marburg: Statistische Methoden für Gen-Umwelt-Interaktionen

Philipps-Universität Marburg Fachbereich Medizin Institut für Medizinische Biometrie und Epidemiologie Bunsenstr. 3 35037 Marburg

Leiterin: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Prof. Dr. Helmut Schäfer 01GR0460 94.218 EUR 01.09.2004 - 31.08.2007

Standort Heidelberg: Haplotypen und Genotypen in Assoziationsstudien

Stiftung Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) Abt. Klinische Epidemiologie von Krebserkrankungen (C020) Bergheimer Str. 20 69115 Heidelberg

Leiterin: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Prof. Dr. Jenny Chang-Claude 06221 42-2373 01GR0461 202.831 EUR 01.10.2004 - 30.09.2008

NGFN-2: SMP-GEM: Standort Heidelberg: Ziel ist es, wichtige, grundlegende Fragen bei Haplotyp-basierten Assoziationsmethoden zur Genkartierung in komplexen Krankheiten aufzuklären. Die Ergebnisse dieser Untersuchungen werden zur Verbesserung neuer Ansätze genutzt. Wir untersuchen die statistische Stärke verschiedener Assoziationsmethoden zur Schätzung von Haplotypenfrequenzen und zur Erkennung der Haplotypblockstruktur und htSNPs. Die Assoziationen einzelner und multipler SNPs sowie von Haplotypen mit Krankheitsmerkmalen werden unter Berücksichtigung der Populationsstratifizierung anhand simulierter und realer Datensätze untersucht. Die Methoden zur Rekonstruktion von Haplotypen und zur Erkennung und Charakterisierung der Grenzen von Haplotypblöcken werden weiterentwickelt und ihr Verhalten untersucht. Die verschiedenen Methoden werden auf reale Daten von familienbasierten und Fall-Kontroll-Studien von DKFZ und Kooperationspartnern im NGFN-2 angewendet. Das Vorhaben bietet Empfehlungen für die Anwendung von Haplotyp-basierten Methoden zur Genkartierung bei komplexen Krankheiten für familienbasierte und Fall-Kontroll-Studien an.

Standort Göttingen: Epidemiologie longitudinaler komplexer Phänotypen

Georg-August-Universität Göttingen Bereich Humanmedizin  Zentrum Informatik, Statistik und Epidemiologie Abt. für Genetische Epidemiologie Humboldtallee 32 37073 Göttingen

Leiterin: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Prof. Dr. Heike Bickeböller 0551 3914019 01GR0462 347.734 EUR 01.09.2004 - 31.08.2008

NGFN-2: SMP-GEM, Standort Göttingen: Ziel ist die Erweiterung und Anpassung nicht-parametrischer longitudinaler Analysemethoden für spezielle Eigenschaften der Daten genetisch epidemiologischer Studiendesigns, wie sie innerhalb des NGFN auftreten. Weiterhin wird im Vorhaben die Weiterbildung in genetisch epidemiologischen Analysemethoden unterstützt. Zunächst adaptieren wir nicht-parametrische Modelle mit zeitveränderlichen Variablen. Dann werden wir multivariate Modelle adaptieren und uns der Frage von unvollständigen Daten widmen. Letztlich werden wir Vergleiche verschiedener Analysemethoden anstellen. Anwendung finden diese adaptierten Analysemethoden z.B. bei der Auswertung der NGFN-KORA-Kohorte bezüglich des Verlaufs von Blutdruck und BMI sowie genetischer Faktoren hinsichtlich kardiovaskulärer Risiken.

Standort Berlin: Genomweite Kopplungsanalyse und Assoziationsstudien mit den Affymetrix 10K und 100K Chips

Stiftung Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin (MDC) Robert-Rössle-Str. 10 13125 Berlin

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Dr. Klaus Rohde 030 9406-3240 01GR0463 179.914 EUR 01.11.2004 - 31.05.2008

NGFN-2: SMP-GEM: Standort Berlin: Eine der vielversprechendsten Techniken zur genomweiten Kartierung ist die Affymetrix Chip-Technologie, die das Genom mit einem Satz von 10K und 100K ausgewählter SNP überdeckt, und die die Basis für die genomweite Genotypisierung am Gene Mapping Centrum des MDC bilden soll. Unser Ziel ist die Entwicklung eines Programmpakets zur Verwaltung und Analyse dieser Datenflut für die genomweite Kartierung. Folgende Schwerpunkte werden bearbeitet: 1: Qualitätskontrolle der Genotypen auf Calling Rate der SNP, Populationsstratifikation sowie korrekte Familienstruktur, 2: Adaption von Methoden für Multilocus-Kopplungsanalysen oder Assoziationsstudien, unter Einbeziehung von Haplotyp-Strukturen, und 3: Charakterisierung der Populationsstruktur durch projektübergreifende Analyse aller Chromosomen für unterschiedliche Samples aus derselben Population. Der bioinformatorische/statistische Support ist wesentlich für die effektive Arbeit des GMC, insbesonders bei den hohen Datenmengen der Chiptechnologie, die in Kooperation zwischen GMC und Affymetrix entstehen. Methodische und anwendungsorientierte Ergebnisse werden wissenschaftlich publiziert und wenn möglich/sinnvoll lizensiert.

Standort München: Weiterentwicklung epidemiologischer Methoden für Datenanalysen

Ludwig-Maximilians-Universität München Institut für medizinische Informationsverarbeitung, Biometrie und Epidemiologie Ingolstädter Landstr. 1 85764 Oberschleißheim

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Prof. Dr. Dr. H.-Erich Wichmann 089 3187-4066 01GR0464 752.748 EUR 01.08.2004 - 31.05.2008

NGFN-2: SMP GEM: Standort München: Ziel des Vorhabens ist die Weiterentwicklung, Adaptation, Anpassung und Anwendung epidemiologischer Methoden für Datenalysen. Der Arbeitsplan sieht die Adaptation nichtparametrischer Modelle mit zeitveränderlichen Variablen für den Einsatz multivariater Modelle, die Behandlung unvollständiger Daten, Vergleiche verschiedener Analysemethoden, die Analyse verschiedener Allelfrequenzen, die Katalogisierung verschiedener Studieninformationen und die Organisation der notwendigen Logistik und Qualitätssicherung vor. Ergebnisverwertung wird die Weiterentwicklung und Adaptation epidemiologischer Analysenmethoden sein.

Standort Bonn: Linkage-Analyse, Assoziationsanalyse und Genome-Scanning: Methodologische Entwicklungen und Qualitätskontrolle

Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn Institut für Medizinische Biometrie, Informatik und Epidemiologie Siegmund-Freud-Str. 25 53127 Bonn

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Prof. Dr. Thomas F. Wienker 0228 287-6482 01GR0465 1.104.268 EUR 01.08.2004 - 31.05.2008

NGFN-2: SMP-GEM: Standort Bonn: Das GEM am IMBIE der Universität Bonn basiert in Struktur und Organisation auf der Genetischen Epidemiologie des Institutes. Linkage Analyse, Genome Scanning und Assoziationsanalyse sind Hauptfokus der wissenschaftlichen Aktivitäten. In mehreren Forschungsprojekten gibt es eine enge Zusammenarbeit mit Gruppen der klinischen und Molekulargenetik. Deswegen spielen Datenmanagement, Qualitätskontrolle, Qualitätsverbesserung, Projektorganisation und Projektmanagement in diesen großen Forschungsprojekten eine Rolle, die sowohl die Synergie verschiedener Gebiete als auch große Investitionen in personeller und finanzieller Hinsicht benötigen. Zusätzlich spielen methodologische Entwicklungen eine Hauptrolle unter den geplanten Aktivitäten am GEM Bonn.

Standort Lübeck: Training in Genetischer Epidemiologie

Universität zu Lübeck Ratzeburger Allee 160 23562 Lübeck

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Prof. Dr. Andreas Ziegler 0451 500-2780 01GR0466 192.354 EUR 01.09.2004 - 30.06.2008

Standort Mainz: Public Health Genetics

Johannes Gutenberg-Universität Mainz Fachbereich Medizin - Institut für Geschichte, Theorie und Ethik der Medizin Am Pulverturm 13 55131 Mainz

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Prof. Dr. Norbert W. Paul 06131 39-37355 01GR0467 430.335 EUR 01.11.2004 - 31.05.2008

NGFN-2: SMP-GEM: Standort Mainz: Das Vorhaben "Public Health Genetics" untersucht die spezifischen Probleme bei der Übersetzung genomischer und genetischer Information in Strategien für medizinisches Problemlösen im Sektor der öffentlichen Gesundheitssorge (Public Health). Das Hauptziel besteht in der Aufbereitung von Wissen aus dem NGFN für gesundheitspolitische Entscheidungen und medizinisch sinnvolle, sozial verträgliche und ethisch rechtfertigbare Innovationen im Bereich der öffentlichen Gesundheit.

Standort Kiel: PopGen: Populationsrepräsentative Biobank Schleswig-Holstein

Christian-Albrechts-Universität zu Kiel Universitätsklinikum Schleswig-Holstein - Campus Kiel - Institut für klinische Molekularbiologie Schittenhelmstr. 12 24105 Kiel

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Prof. Dr. Michael Krawczak 0431 597-2350 01GR0468 2.250.489 EUR 01.11.2004 - 31.05.2008

NGFN-2: SMP-GEM: Standort Kiel: POPGEN: Zentrales Vorhabenziel ist die Bereitstellung populationsrepräsentativer Stichproben für genetisch-epidemiologische Fragestellungen im NGFN, die in den klinischen Arbeitsgruppen des Netzwerkes bearbeitet werden. Die Entdeckung von Krankheitsgenen findet in fünf Indikationsgebieten im NGFN statt. Damit medizinsich relevante Algorithmen entwickelt werden können, ist die Erfassung der Populationsrelevanz von genetischen Varianten unerlässlich. Daher sollen für eine Reihe von Schlüsselerkrankungen Populations-repräsentative Stichproben erstellt werden und Patienten in follow-up-Programme eingeschlossen werden. Im Vorhaben werden Stichproben für verschiedene Erkrankungen aus den Interessensgebieten des NGFN erstellt, die von klinischen Arbeitsgruppen im NGFN-2 genutzt werden.  

Abgeschlossene Vorhaben