RNA

Standort DKFZ, Heidelberg: Systematische DNA-Expressionsanalyse

Stiftung Deutsches Krebsforschungszentrum (DKFZ) Im Neuenheimer Feld 580 69120 Heidelberg

Leiterin: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Prof. Dr. Annemarie Poustka 06221 42-4742 01GR0418 4.048.171 EUR 01.11.2004 - 31.05.2008

Das Ziel der Teilvorhaben der SMP-RNA am DKFZ ist die Identifizierung und Validierung von krankheitsassoziierten Genen durch systematische RNA-Expressionsanalysen mittels Microarrays und die Errichtung einer Schnittstelle für den Informationsaustausch und die Standardisierung von Microarray-Experimenten (TP0).  Die Erstellung von genomweiten Expressionsprofilen dient der Verbesserung der Diagnose, Prognose und Therapie verschiedener Erkrankungen (TP1). In Kooperation mit dem österreichischen Genom-Forschungsprogramm (GEN-AU) sollen neue Marker für die Prognose und Diagnose von Brustkrebs identifiziert werden (TP3). Durch die Kombination von zellulären Modellen mit Mikroarrays sollen Netzwerke der Genexpression erkannt werden. Parallel dazu werden Analyse- und Modellierungstools für komplexe Datensätze entwickelt (TP4). Technologien zur Erhöhung der Sensitivität und absoluten Quantifizierung der Hybridisierung werden erarbeitet und sollen zur Identifizierung unbekannter Exons und Spicevarianten genutzt werden (TP6). Kommerziell verwertbare Ergebnisse werden mit den klinischen Partnern zum Patent angemeldet und publiziert. Die Genexpressionsmuster werden validiert und auf ihre klinische Anwendbarkeit geprüft. Kommerziell verwertbare Ergebnisse werden mit den klinischen Partnern zum Patent angemeldet und publiziert.

Standort MPI-MG, Berlin: Hochauflösende Genexpressionsanalyse im hohen Durchsatz in Mausembryonen

Max-Planck-Institut für molekulare Genetik Ihnestr. 63-73 14195 Berlin

Leiter: Tel.: FKZ: Betrag: Laufzeit:

Prof. Dr. Bernhard Herrmann 030 84131409 01GR0419 575.504 EUR 01.11.2004 - 31.05.2008

Gegenstand des Teilvorhabens der SMP-RNA am MPIMG ist die Gewinnung hochauflösender Expressionsdaten von Genen der Signalprozesse der Organ- und Gewebeentwicklung mit dem langfristigen Ziel, Kandidatengene für menschliche Erkrankungen, welche durch Störungen von Signalwegen verursacht werden, zu identifizieren. Als Modellsystem werden 9,5 und 11,5 Tage alte Mausembryonen untersucht, welche sich durch ein intensives Signaling und schnelle zelluläre Antworten auszeichnen. Zur Analyse werden Gene gewählt, welche 1) für Transkriptregulatoren oder Signalmoleküle kodieren, 2) durch Partner innerhalb der SMPs durch Expression Profiling in Mausembryonen, Embryoteilen, Tumoren oder Geweben als Kandidaten identifiziert wurden und dort weiter analysiert werden oder 3) die MAMEP-Datenbank sinnvoll ergänzen. Insgesamt sollen 3000 Gene analysiert werden. Die generierten Daten werden in der MAMEP-Datenbank erfasst und unter Verwendung von Daten interagierender Gruppen der SMP-DNA und SMP-RNA sowie öffentlich zugänglichen Datensätzen ausgewertet. Die Expressionsdaten werden für Funktionsanalysen zur Verfügung gestellt. Mit dem Aufbau einer 3D-Bilddatenbank soll unter Verwendung des OPT-Systems begonnen werden.