Einzelprojekt

e:Med Nachwuchsgruppe MultiPath: Ein generisches mehrlagiges Modell für die Integration von Vorwissen aus unterschiedlichen Typen von Signalwegen

Förderkennzeichen: 01ZX1508
Fördersumme: 864.283 EUR
Förderzeitraum: 2016 - 2021
Projektleitung: Dr. Frank Kramer
Adresse: Georg-August-Universität Göttingen, Universitätsklinikum und Medizinische Fakultät, Zentrum Informatik, Statistik und Epidemiologie, Medizinische Statistik
Humboldtallee 32
37073 Göttingen

In der klinischen Forschung ist sowohl die Integration von Vorwissen über biologische Signalwege als auch das Nachvollziehen dieser Signalwege in wissenschaftlichen Publikationen ein sehr ineffizienter und umständlicher Vorgang. Das Ziel dieser Nachwuchsgruppe ist, die Integration von Signalwegs-Wissen zu vereinfachen. Darüber hinaus soll die Reproduzierbarkeit in der klinischen Forschung im Allgemeinen und in der Systemmedizin im Speziellen gestärkt werden. Die zentrale Idee ist hierbei die Definition und Umsetzung einer mehrlagigen Modellierungsstruktur für biologische Signalnetze, welche ein generisches und erweiterbares Format für die Integration verschiedener Signalnetz-Typen und weiterer Quellen relevanten Wissens (z. B. Drug-Target-Datenbanken) bietet. Die besondere Eigenschaft dieser Modellierungsstruktur ist, dass sie Prozeduren für die automatische Transformation von Signalnetzen beinhaltet und diese reproduzierbar dokumentieren kann. Innerhalb dieses Projekts soll eine mehrlagige Modellierungsstruktur für biologische Signalnetze entwickelt werden. Dies umfasst die theoretische Ausarbeitung der Definition und die Implementierung des Modells für die praktische Anwendung. Neben einer eigenständigen Umsetzung der Software ist die Erweiterung von weit verbreiteten Software-Tools mittels Plug-ins oder Software-Paketen zur Unterstützung dieser mehrlagigen Modellierungsstruktur für biologische Signalnetze geplant. Hierdurch wird die Interoperabilität innerhalb der wissenschaftlichen Gemeinschaft verbessert und eine einfache Übernahme der Strukturen für andere Forscher ermöglicht. Zur Evaluierung dieser Signalwegs-Modelle werden vorhandene Wissensquellen in einem Online-Katalog von Modellen zusammengestellt. Weiterhin werden in Kooperation mit den klinischen Partnern spezifische Modelle an den Kohorten-Daten zu kolorektalen Karzinomen und metastasierenden Tumoren erstellt und funktionell analysiert.