Einzelprojekt

Pilotierung einer transienten Datenbank für genetische Varianten ungeklärter klinischer Signifikanz

Förderkennzeichen: 01EK1506
Fördersumme: 456.509 EUR
Förderzeitraum: 2015 - 2018
Projektleitung: Prof. Dr. Michael Krawczak
Adresse: Christian-Albrechts-Universität zu Kiel, Universitätsklinikum Schleswig-Holstein, Campus Kiel, Institut für Medizinische Informatik und Statistik
Brunswiker Str. 10
24105 Kiel

Moderne DNA-Sequenzierung deckt oft genetische Varianten mit ungeklärter klinischer Relevanz für den betroffenen Patienten auf. Diese Varianten bedürfen einer weiteren Abklärung - idealerweise durch das erneute Auffinden in einem unabhängigen aber klinisch gleichgelagerten Fall. Hierzu bedarf es seiner öffentlich zugängigen Datenbank, die wegen der Gefahr mangelnder Anreize nicht als Register betrieben werden kann. Stattdessen wird mit VarWatch eine transiente Beobachtungsliste (watch list) etabliert, die das Anreizproblem durch seine Doppelfunktion umgeht. VarWatch dient als Anfragewerkzeug, um einzelne Varianten mit der Beobachtungsliste abzugleichen. Gleichzeitig erklären sich alle Anfrager bereit, Varianten mit negativem Ergebnis (d.h. kein gleichgelagerter Fall in der Liste) für die Liste zur Verfügung zu stellen. Im Falle eines Treffers werden Anfrager und Urheber des jeweiligen Eintrags unterrichtet und treiben die weitere Abklärung der ätiologischen Relevanz außerhalb des Systems voran. VarWatch und seine Funktionen werden am Kieler Institut für Klinische Molekularbiologie (IKMB) implementiert und betrieben. Ziel ist eine Pilotinstallation, die die Praktikabilität und Akzeptanz von VarWatch nachweist. VarWatch etabliert eine Exom-Sammlung als Vergleichsstichprobe. Die Sammlung wird auf den im IKMB vorliegenden Daten aufbauen und laufend um Daten externer Kooperationspartner ergänzt. VarWatch etabliert Kooperationen mit existierenden Varianten-Datenbanken, um effiziente Abgleiche eigener Anfragen zu ermöglichen. Ziel ist die Einrichtung von Schnittstellen außerhalb der normalen Zugangswege. Der primäre Zugang zu VarWatch erfolgt über existierende Bioinformatik-Portale, um Doppeleingaben zu vermeiden. Daneben etabliert VarWatch einen direkten Zugang mit eingeschränkter Funktionalität. Im 4. Halbjahr wird VarWatch einer Beta-Testung durch 10 - 20 ausgewählte Nutzer unterzogen mit dem Ziel kontinuierlicher Revisionen und Updates.