Die NAKO wird 200.000 Männer und Frauen im Alter von 20-69 Jahren in ganz Deutschland aus einer Zufallsstichprobe der jeweiligen Bevölkerung rekrutieren. Zusätzlich zu Interview und Fragebögen werden eine Reihe von medizinischen Untersuchungen durchgeführt und verschiedene Bioproben gesammelt. Bei 20% der Personen wird ein intensiviertes Programm durchgeführt. Ferner werden 30.000 Probanden eine Untersuchung mittels Magnetresonanztomographie (MRT) erhalten. Nach vier Jahren werden alle Teilnehmer nochmals zur Untersuchung eingeladen. Postalische Nachbefragungen zur Gesundheitssituation werden alle 2-3 Jahre erfolgen (aktive Nachbeobachtung). Zusätzlich werden Abgleiche mit epidemiologischen Registern sowie mit Quellen für Sekundärdaten durchgeführt.