Teilprojekt eines Verbundes

Standort EMBL Heidelberg

Förderkennzeichen: 01KD2206D
Fördersumme: 251.527 EUR
Förderzeitraum: 2022 - 2025
Projektleitung: Dr. Jan Korbel
Adresse: Europäisches Laboratorium für Molekularbiologie (EMBL)
Meyerhofstr. 1
69117 Heidelberg

Die Möglichkeit, klinische Entscheidungen auf der Grundlage genomischer Datensätze zu treffen und eine geeignete personalisierte Therapie zu konzipieren, hat begonnen therapeutische Optionen bei Krebsbehandlungen radikal zu verändern. Die derzeitige Umsetzung dieser Ansätze berücksichtigt jedoch nicht die molekulare und zelluläre intratumorale Heterogenität (ITH), die für die Entwicklung therapieresistenter und metastatischer Klone verantwortlich ist. Diese Lücke will das multidisziplinäre SATURN3-Konsortium für drei häufige, schwer zu behandelnde Tumorarten schließen: 1) Brust-, 2) Darm- und 3) Bauchspeicheldrüsenkrebs. Das Gesamtziel ist die Entwicklung neuer Diagnostika und ganzheitlicher Therapiekonzepte um Patientinnen und Patienten mit einer dieser, bisher schwer behandelbaren, Krebserkrankungen neue, bessere und personalisierte Behandlungsoptionen zu bieten. Am EMBL werden computergestützte Methoden entwickelt und eingesetzt, um die räumliche und zeitliche Tumorheterogenität mittels neuartiger Ansätze auf Grundlage von multi-omischer Bioinformatik, maschinellem Lernen / künstlicher Intelligenz und mechanistischer Modellierung zu charakterisieren und aufzulösen. Des weiteren werden Methoden zur Datenintegration entwickelt und eingesetzt. Das EMBL wird zusätzlich an der Auswahl der bestmöglichen Assays und Proben beteiligt sein und so entscheiden, welche experimentellen Assays innerhalb des Konsortiums durchgeführt werden sollen. Das Datenanalyse-Zentrum wird innerhalb des Forschungskonsortiums konsistente Datenanalysen ermöglichen, sowie auch den effizienten und sicheren Zugang zu allen Daten sicherstellen. Dabei wird die Cloud-Infrastruktur des Deutsches Netzwerk für Bioinformatik-Infrastruktur (de.NBI) genutzt und automatisierte Analyse-Workflows entwickelt und zur Verfügung gestellt (German Human Genome-Phenome Archive, GHGA).