Teilprojekt eines Verbundes

Standort Universität Köln

Förderkennzeichen: 01KD2206L
Fördersumme: 339.272 EUR
Förderzeitraum: 2022 - 2025
Projektleitung: Univ. Prof. Dr. Christiane Bruns
Adresse: Universität zu Köln - Medizinische Fakultät, Universitätsklinikum, Klinik für Allgemein-, Viszeral- und Tumorchirurgie
Kerpener Str. 62
50937 Köln

Die frühzeitige Metastasierung und Therapieresistenz des Bauchspeicheldrüsenkrebses werden mit phänotypischer Plastizität (Wandlungsfähigkeit) und intratumoraler Heterogenität (ITH) in Verbindung gebracht. Allerdings ist das Verständnis dieser komplexen und dynamischen molekularen Veränderungen, die Metastasierung und Therapieresistenz bestimmen, noch nicht gegeben. Die Hypothese ist es daher, dass die ITH durch Organ-spezifische plastische Phänotypen und klonale Dynamiken der Tumorzellen vorangetrieben wird, die durch genomische, epigenomische und Mikroumgebungsfaktoren bestimmt werden. Das Teilprojekt (TP) 3 fokussiert auf das metastasierte Pankreaskarzinom und wird hier Biopsiematerial aus dem Primärtumor und Metastasen und Organoide sowie Flüssigbiopsien generieren, die im Konsortium durch Anwendung und Kombination genomweiter DNA- und RNA-Sequenziermethoden (Omics-Technologien) auf mehreren Ebenen molekulargenetisch detailliert charakterisiert werden. In Teilprojekt 5 werden im Rahmen der Data Science Initiative des SATURN3 Konsortiums Algorithmen und Verfahren des maschinellen Lernens zur Untersuchung intratumoraler genetischer und epigenetischer Heterogenität entwickelt und diese auf die Kohorten des SATURN3 Konsortiums angewendet. Das Ziel ist hierbei die räumlich-temporale Organisation von Tumoren im Detail zu rekonstruieren, Zusammenhänge zwischen Tumorhetereogenität und zellulären und Patientenphänotypen aufzuklären und Vorhersagen über die zukünftige Entwicklung von Tumorzellpopulationen zu ermöglichen. Dabei stehen insbesondere chromosomale Instabilität und somatische Kopienzahlaberrationen im Vordergrund der Untersuchungen. Um die Analyse tief multi-modal charakterisierter Kohorten mit geringer bis mittlerer Patientenzahl zu ermöglichen werden desweiteren Verfahren des Transfer Learnings etabliert, um Wissen aus großen bestehenden Kohorten auf die Kohorten des SATURN3 Konsortiums zu übertragen.