Teilprojekt eines Verbundes

Standardentwicklung und Entwicklung einer MulticellML-Schnittstelle zum Simulator M3 (TP 3)

Förderkennzeichen: 01ZX1707C
Fördersumme: 64.694 EUR
Förderzeitraum: 2018 - 2019
Projektleitung: Dr. Haralampos Hatzikirou
Adresse: Helmholtz-Zentrum für Infektionsforschung GmbH
Inhoffenstr. 7
38124 Braunschweig

Das gesamte MulticellML-Projekt vereint das Know-how in verschiedenen Modellformalismen für die mediale Darstellung von Zellform- und Zell-Zell-Interaktionen; das zelluläre Potts-Modell im Teilprojekt 1 und das subzelluläre Elementmodell im Teilprojekt 3. Beide Gruppen arbeiten unabhängig voneinander auf verwandten biologischen Fragestellungen von Gewebswaagen in Leber und Krebs, aber in verschiedenen e:Med-Projekten und mit zwei verschiedenen Simulationsgerüsten, M3 und Morpheus. Zusammen mit der Standardisierungskompetenz im Teilprojekt 2 repräsentiert dieses Triple die kritische Masse für die Etablierung des neuen Standards MulticellML und die Überwindung der technologischen Hürden für die Zusammenarbeit in e:Med. Speziell entwickelt das Teilprojekt 3 gemeinsam den Standard mit dem Teilprojekt 1, unterstützt den Hackathon und den Kurs, implementiert MulticellML in M3 (milestone 3.1) mit testgesteuerter Softwareentwicklung und validiert den MulticellML-basierten Modellaustausch über SEEK (del. 3.2).