Verbund

INCOME - Integrative, kollaborative Modellierung in der Systemmedizin

Im Forschungsprogramm e:Med werden in verschiedensten Projekten große Datenmengen generiert und eine Vielzahl an mathematischen Modellen entwickelt. Leider stehen viele der Modelle und Daten für sich alleine, werden nicht weiter verwendet oder zusammengeführt. Dies liegt unter anderem an schwer nachvollziehbaren Prozessen und uneinheitlichen Standards.

Das Ziel von INCOME ist, diese Daten und Modelle technisch bestmöglich zusammenzuführen und daraus ein umfassendes Modell zu entwickeln, das viele molekulare Prozesse einer Zelle darstellt. Dazu wird das Konsortium mehrere Veranstaltungen organisieren während dieser verschiedene e:Med Modellierungsgruppen an der Integration einzelner Modelle zu einem Gesamtmodell zusammenarbeiten. Dabei werden auch dafür relevante neue Standards und Werkzeuge diskutiert werden. Insgesamt soll durch dieses Projekt die Zusammenarbeit zwischen den Modellierungsgruppen der e:Med Gemeinschaft gestärkt werden.

Das Verbundprojekt INCOME ist ein interdisziplinäres Projekt mit drei Projektpartnern aus der (Bio-)Informatik, der Systembiologie und der Systemmedizin. Er wird über den Vernetzungsfonds für das e:Med-Netzwerk Systemmedizin gefördert. Mit dem Vernetzungsfonds sollen Vernetzungsaktivitäten innerhalb der geförderten Projekte der e:Med-Module I bis V über eine Projektförderung unterstützt werden.

Teilprojekte

TP1 München

Förderkennzeichen: 01ZX1705A
Gesamte Fördersumme: 238.888 EUR
Förderzeitraum: 2017 - 2019
Projektleitung: Dr. Jan Hasenauer
Adresse: Helmholtz Zentrum München, Deutsches Forschungszentrum für Gesundheit und Umwelt (GmbH), Institute of Computational Biology (ICB)
Ingolstädter Landstr. 1
85764 Neuherberg

TP1 München

Das Ziel von INCOME ist es ein Modell- und Datenrepositorium für die Systemmedizin zu etablieren und ein integriertes Modell für zelluläre Prozesse zu entwickeln. Dies kann nicht von einzelnen Forschungsgruppen geschafft werden, sondern erfordert eine gemeinsame Anstrengung. Um dies zu erreichen wird Teilprojekt 1 vier Meetings organisieren, während derer Forscher/innen über Standards und Software-Tools informiert werden (in Zusammenarbeit mit Teilprojekt 2 und 3). Darüber hinaus werden Forscher/innen im Rahmen dieser Meetings bei der Entwicklung bzw. (Re-)Implementierung von Modellen, die diesen Standards folgen, unterstützt werden (in Zusammenarbeit mit Teilprojekt 2 und 3). Die Meetings werden den Austausch zwischen Modellierungsgruppen verbessern und es erlauben, potenzielle Synergien und Überschneidungen zwischen Projekten bzw. Modellen zu identifizieren.

TP2 Heidelberg

Förderkennzeichen: 01ZX1705B
Gesamte Fördersumme: 86.596 EUR
Förderzeitraum: 2017 - 2019
Projektleitung: PD Dr. Wolfgang Müller
Adresse: HITS gGmbH - Abt. Scientific Databases and Visualization (SDBV)
Schloß-Wolfsbrunnenweg 35
69118 Heidelberg

TP2 Heidelberg

Das Verbundprojekt INCOME ist ein kollaboratives, interdisziplinäres Projekt mit drei Projektpartnern aus der (Bio-)Informatik, der Systembiologie und der Systemmedizin. Ziele von INCOME sind die Verbesserung der Vernetzung deutscher Modellierungsgruppen, die Etablierung einer integrierten Datenbank für Modelle und Daten und die kollaborative Entwicklung eines großskaligen Modells vieler Signalwege. Um dies zu erreichen wird das Konsortium vier Veranstaltungen organisieren, welche den Austausch verbessern und neue Software-Tools entwickeln. Diese Veranstaltungen werden die Standardisierung von Modellen und Datensätzen sowie deren Integration ermöglichen. Dieses Vorhaben hat die Aufgabe, die Autoren von Modellen bei der Aufbereitung der Modelle für eine FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) Speicherung zu unterstützen. Ferner wird in den durch das Konsortium veranstalteten Symposien gelehrt.

TP3 Rostock

Förderkennzeichen: 01ZX1705C
Gesamte Fördersumme: 80.914 EUR
Förderzeitraum: 2017 - 2019
Projektleitung: Prof. Dr. Olaf Wolkenhauer
Adresse: Universität Rostock, Fakultät für Informatik und Elektrotechnik, Lehrstuhl für Systembiologie und Bioinformatik
Albert-Einstein-Str. 21
18059 Rostock

TP3 Rostock

Das Ziel des INCOME-Verbunds ist es ein integriertes Modell- und Datenrepositorium sowie ein umfangreiches mechanistisches Modell medizinisch relevanter zellulärer Signalwege zu etablieren. Darüber hinaus sollen Software-Tools entwickelt werden, um die Modelle zu erweitern bzw. zu verfeinern. Im Teilprojekt an der Universität Rostock soll ein Werkzeug entwickelt werden, das auf der Software BiVeS basiert und in der Lage ist verschiedene Versionen eines Modells zusammenzuführen.