Teilprojekt eines Verbundes

Epidemiologische Aspekte: Risikointervention und Wirtsspezifität

Förderkennzeichen: 01KI2007F
Fördersumme: 105.408 EUR
Förderzeitraum: 2020 - 2021
Projektleitung: Dr. Torsten Semmler
Adresse: Robert Koch-Institut (RKI), Nachwuchsgruppe 1: Mikrobielle Genomik
Nordufer 20
13353 Berlin

Es wurde in bisherigen Arbeiten zur Wirtsspezifität von Campylobacter basierend auf MLST Analysen gezeigt, dass die Population stark in bestimmte Cluster von verwandten Linien strukturiert ist. Für einige dieser Linien wurde gezeigt, dass sie signifikant häufiger in bestimmten Wirten, z. B. Hühnern auftreten, während andere Sequenztypen (ST) universell in allen Wirten auftreten und daher in der Gruppe der "host-generalists" zusammengefasst werden. Während die Assoziation von bestimmten STs zu spezifischen Wirten allein auf der Sequenz der sieben Haushaltsgene, die für die MLST verwendet werden beruhen, ist bisher sehr wenig dazu bekannt, welche genomischen Elemente funktionell für diese Anpassung verantwortlich sind. In diesem Teilprojekt soll die Gesamtheit der genetischen Elemente erfasst werden, die mit einem bestimmten Wirt assoziiert sind und es soll weiterhin untersucht werden, ob diese Elemente auch in der Gruppe der "host-generalists" vorkommen. Für Campylobacter coli sind Assoziationen bestimmter phylogenetischer Linien mit den beiden Wirten Huhn und Schwein bereits bekannt. Zum anderen dominieren drei große phylogenetische Cluster die Population. In diesem Projekt soll mit Hilfe der etablierten Methoden aus der ersten Förderphase die genetische Ausstattung der wirtsspezifischen Linien und Populationscluster ermittelt und ihr Einfluss auf die Adaptation an verschiedene Wirte untersucht werden. Eine genaue und hochauflösende Identifizierung von solchen Wirts-assoziierten genetischen Elementen kann zur sicheren Bestimmung von Infektionsquellen in humanen Campylobacterinfektionen beitragen und helfen, die zoonotischen Infektionsketten zu ermitteln und zu unterbrechen.