Verbund

ZooSeq - Optimierte Verfahren des Next-Generation Sequencing bei Zoonoseerregern

DNA-Sequenzierung ist die Bestimmung der Nukleotid-Abfolge in einem DNA-Molekül. Next-Generation Sequencing (NGS) bezeichnet eine neuartige Technologie. Im Gegensatz zu bisher bekannten Sequenzierungsverfahren können gleichzeitig mehrere hundert Millionen DNA-Abschnitte in einer Probe sequenziert werden.

Ziel dieses Vernetzungsverbundes ist die Entwicklung optimierter NGS-Verfahren zum Nachweis und zur genetischen Charakterisierung von bakteriellen und viralen Zoonose-Erregern. Dazu gehören z. B. die Optimierung der Aufbereitung von Archivproben, der Analysen mit verschiedenen Geräten und der Entwicklung von Software-Modulen für die Datenerfassung und -auswertung. Im Verbund sollen zahlreiche breit einsetzbare Methoden, Instrumente und Empfehlungen zur Diagnostik und bioinformativen Analyse entwickelt werden. Diese können von allen Zoonoseforschenden eingesetzt werden, um die NGS-basierte Forschung und Diagnostik zu Zoonosen auf den bestmöglichen Stand zu bringen.

Das Vorhaben wird im Rahmen des Forschungsnetzes zoonotische Infektionskrankheiten durchgeführt. Das Forschungsnetz hat zum Ziel den Austausch der angeschlossenen Forschungsverbünde und Nachwuchsgruppen zu intensivieren und Synergieeffekte zu generieren. Ein Koordinierungskreis aus Vertreterinnen und Vertretern der Wissenschaft, der beteiligten fördernden Ministerien und des ÖGD steuert die Aktivitäten des Netzes. Zur besseren Vernetzung der geförderten Gruppen hat der Koordinierungskreis die Möglichkeit eingerichtet, gezielt Vernetzungsprojekte, wie das vorliegende Vorhaben, zu fördern.

Teilprojekte

Anwenderfreundliche und optimierte Verfahren zur Nutzung mit der ONT-Technologie

Förderkennzeichen: 01KI1905A
Gesamte Fördersumme: 251.091 EUR
Förderzeitraum: 2019 - 2022
Projektleitung: PD Dr. Markus Antwerpen
Adresse: Institut für Mikrobiologie der Bundeswehr
Neuherbergstr. 11
80937 München

Anwenderfreundliche und optimierte Verfahren zur Nutzung mit der ONT-Technologie

Ziel dieses Projekts ist die Vernetzung der innerhalb des Forschungsnetzes Zoonosen geförderten Projekte, um aufbauend auf den diversen Erfahrungen zu der NGS-Technologie technologische und methodische Fortschritte zu erreichen. Bestimmende Prämisse ist dabei der Querschnittscharakter für Bakteriologie und Virologie sowie der Einsatz innovativer Sequenzier- und Analyseansätze, die der Weiterentwicklung innerhalb des Zoonosenetzwerkes dienen. Das Vorhaben dient der Etablierung modernster, effizienter Workflows. Proben oder Fragestellung aus den Zoonoseprojekten können evtl. zur Validierung einfließen. Die optimierten Sequenziermöglichkeiten (SOPs, Technologien, Pipelines) können dann von allen Zoonoseprojekten eingesetzt werden, um die NGS-basierte Forschung und Diagnostik im Forschungsnetz auf den bestmöglichen Stand zu bringen.

Gemeinsame Weiterentwicklung von Tiefsequenziermethoden für die Zoonoseforschung

Förderkennzeichen: 01KI1905C
Gesamte Fördersumme: 254.808 EUR
Förderzeitraum: 2019 - 2022
Projektleitung: Prof. Dr. Christian Drosten
Adresse: Charité, Universitätsmedizin Berlin, Institut für Virologie
Charitéplatz 1
10117 Berlin

Gemeinsame Weiterentwicklung von Tiefsequenziermethoden für die Zoonoseforschung

Das Vorhaben dient der Etablierung modernster, optimierter NGS-Protokolle und NGS-Workflows im Bereich Zoonosen.

Optimierte Verfahren des Next-Generation Sequencing bei Zoonoseerregern, - Bioinformatische Herausforderungen und Kontaminanten

Förderkennzeichen: 01KI1905D
Gesamte Fördersumme: 111.616 EUR
Förderzeitraum: 2020 - 2021
Projektleitung: Prof. Dr. Bernhard Renard
Adresse: Hasso-Plattner-Institut für Digital Engineering gGmbH
Prof.-Dr.-Helmert-Str. 2-3
14482 Potsdam

Optimierte Verfahren des Next-Generation Sequencing bei Zoonoseerregern, - Bioinformatische Herausforderungen und Kontaminanten

Übergeordnetes Ziel des Verbundprojekts ist die Vernetzung der verschiedenen Zoonose-Verbünde, um aufbauend auf den diversen Erfahrungen der verschiedenen Verbünde und Institute innerhalb der Verbünde auf dem Gebiet der Next-Generation-Sequencing (NGS)-Technologie technologische und methodische Fortschritte zu erreichen. Ziel dieses Arbeitspakets ist daher der Aufbau einer entsprechenden Infrastruktur zur Sammlung von Falschpositiven in Kontakt mit entsprechenden Sequenzierlaboren. In einer Pilotstudie am RKI wurden bereits für diese Vorhaben zentrale Arbeitsschritte definiert. Diese Vorkenntnisse sind als Startpunkt für die hier vorgesehenen Entwicklungen verfügbar. Die zu entwickelnden dynamischen Sammlungen bekannter oftmals auftretender falsch-positiver Treffer werden ebenfalls netzwerkintern verfügbar gemacht.