Die Zoonoseverbünde RoBoPub, ZooBoCo, TBENAGER und Q-GAPS konzentrieren sich auf einzelne Erreger: Frühsommer-Meningo-Enzephalitisvirus, (FSMEV; TBENAGER), Puumala-Orthohantavirus (PUUV) und Leptospira spp. (RoBoPub), Coxiella burnetii (Q-GAPS) und Bornaviren (ZooBoCo). Zur Aufklärung potenzieller Koinfektionen in Kleinsäugern setzt sich das Teilprojekt ZooKoInfekt-FLI des Vernetzungsprojektes zum Ziel, die gesammelten Kleinsäuger auch auf die jeweils anderen Erreger (PUUV, C. burnetii und Borna disease virus 1, BoDV-1), Tula-Orthohantavirus (TULV) und weitere Hantaviren zu untersuchen sowie bei ausgewählten Tieren eine Metagenomanalyse von Kotproben durchzuführen.