Bei etwa 5-10% der SARS-CoV-2-Patienten wird Durchfall diagnostiziert, und bis zu 50% der kranken Patienten sterben mit Stuhlproben, die positiv für das SARS-CoV-2-Genom sind. Dies deutet darauf hin, dass das Darmepithel wahrscheinlich infiziert ist. Über die enterische Phase von SARS-CoV-2 und ihre Auswirkungen auf die virusinduzierten Pathologien und die Ausbreitung ist jedoch nicht viel bekannt. In diesem Projekt werden zusammen mit anderen Partnern Genmarker für Zelltypen, Infektionen und Immunantworten gesucht und deren Expression in menschlichen Darmorganoiden abgebildet. Es wird eine Pipeline verwendet, die bereits mit anderen Partnern dieses Projekts entwickelt wurde, und sie auf humane primäre Darmorganoide angewendet, die mit SARS-CoV-2 infiziert sind. Die Pipeline beginnt mit der Verwendung von Einzelzell-RNAseq zur Charakterisierung der Zelltypen, Infektionen und Immunantworten. Mit diesen Ergebnissen sollen Genmarker für die gezielte Bildgebung und Validierung gefunden werden. Anschließend werden Organoide, die SARS-CoV-2-Lokalisierung und Genmarker von Zelltypen und Immunantworten mithilfe von RNA-FISH abgebildet. Der Beitrag wird neue Erkenntnisse über die Transkriptionsprogramme liefern, die durch die SARS-CoV-2-Infektion der menschlichen Darmzellen in einem fortgeschrittenen Modell mit verschiedenen Zelltypen ausgelöst werden, und letztlich dazu beitragen, Licht in das enterische Leben von SARS-CoV-2 und seinen Beitrag zu Covid-19 zu bringen.