Teilprojekt eines Verbundes

Rich Client-Software zur Unterstützung des Designs von Mediatorsonden für die "minimal residual disease"-Analytik

Förderkennzeichen: 01EK1508C
Fördersumme: 374.505 EUR
Förderzeitraum: 2015 - 2018
Projektleitung: Jan-Niklas Schäfer
Adresse: GNWI Gesellschaft für naturwissenschaftliche Informatik mbH
Voßacker 48
45739 Oer-Erkenschwick

Im Vorhaben wird die Software für das geplante Testverfahren entwickelt. Aufgrund nur sehr eingeschränkter EDV-Unterstützung ist das Design von Mediatorsonden gegenwärtig durch zeitintensive und fehleranfällige manuelle Prozesse gekennzeichnet. Die zu entwickelnde Software ist ein essenzieller Baustein des Verbundprojekts und kann  dazu beitragen, fehlschlagende und kostenintensive Therapien zu vermeiden, Diagnosezeiten zu verkürzen und die Behandlung zielgerichtet und erfolgreich zu gestalten. Die Software wird sowohl patientenspezifische DNA-Sequenzdaten als auch empirisch ermittelte Richtlinien berücksichtigen, um mit Hilfe von Algorithmen geeignete Mediatorsonden vorherzusagen. Zur Realisierung wird dabei auf einschlägig-publizierte Algorithmen und Softwarekomponenten für die Berechnung von RNA/DNA-Sekundärstrukturen sowie entsprechender thermodynamischer Größen zurückgegriffen werden. Die vom Verbundpartner IMTEK entwickelten Heuristiken und Richtlinien zur Abschätzung der Güte von berechneten Mediatorsonden werden in eigenen Modulen implementiert. Die intuitive Benutzerschnittstelle soll alle Arbeitsschritte der Analytik umfassend unterstützen.