Teilprojekt eines Verbundes

Weiterentwicklung der „Rich-Client"-Software-Applikation „AssayManager" zur umfassenden und effizienten Unterstützung des Designs von Mediatorsonden für die "minimal residual disease" Analytik.

Förderkennzeichen: 01EK1508E
Fördersumme: 45.900 EUR
Förderzeitraum: 2019 - 2021
Projektleitung: Stefan Neumann
Adresse: GNWI Gesellschaft für naturwissenschaftliche Informatik mbH
Merlinweg 11
44229 Dortmund

Im Vorhaben wird die Software für das geplante Testverfahren entwickelt. Aufgrund nur sehr eingeschränkter EDV-Unterstützung ist das Design von Mediatorsonden gegenwärtig durch zeitintensive und fehleranfällige manuelle Prozesse gekennzeichnet. Die zu entwickelnde Software ist ein essenzieller Baustein des Verbundprojekts und kann  dazu beitragen, fehlschlagende und kostenintensive Therapien zu vermeiden, Diagnosezeiten zu verkürzen und die Behandlung zielgerichtet und erfolgreich zu gestalten. Die Software wird sowohl patientenspezifische DNA-Sequenzdaten als auch empirisch ermittelte Richtlinien berücksichtigen, um mit Hilfe von Algorithmen geeignete Mediatorsonden vorherzusagen. Zur Realisierung wird dabei auf einschlägig-publizierte Algorithmen und Softwarekomponenten für die Berechnung von RNA/DNA-Sekundärstrukturen sowie entsprechender thermodynamischer Größen zurückgegriffen werden. Die vom Verbundpartner IMTEK entwickelten Heuristiken und Richtlinien zur Abschätzung der Güte von berechneten Mediatorsonden werden in eigenen Modulen implementiert. Die intuitive Benutzerschnittstelle soll alle Arbeitsschritte der Analytik umfassend unterstützen.