Teilprojekt eines Verbundes

Identifizierung und Validierung genetischer Elemente der Wirtsspezifität und Resistenztransmission in E. coli und ihre Verwendung in einem in silico Modell zur Risikoabschätzung

Förderkennzeichen: 01KI1703A
Fördersumme: 282.657 EUR
Förderzeitraum: 2017 - 2020
Projektleitung: Prof. Dr. Christian Menge
Adresse: Friedrich-Loeffler-Institut Bundesforschungsinstitut für Tiergesundheit, Institut für molekulare Pathogenese
Naumburger Str. 96 a
07743 Jena

Das FLI validiert experimentell genomische Elemente, die in der bioinformatischen Analyse der gesammelten E. coli Isolate als mögliche Kandidatengene oder -gengruppen für die präferentielle Besiedlung eines Wirtes identifiziert worden waren. Die Überprüfung dieser Elemente, die chromosomal oder auf Resistenzplasmiden kodiert vorliegen können, erfolgt für verschiedene E. coli Stämme und Stamm/Plasmidkombinationen 1) in vitro, indem ihre Interaktion mit Zelllinien aus dem Darmepithel verschiedener Wirtsorganismen bestimmt wird und 2) in vivo in einem Tiermodell, bei dem Kompetitionsexperimente die Effizienz der Kolonisierung des Wirtes, und damit die Reservoirentstehung, sowie der Transfer von Resistenzen zwischen Bakterien und von Isolaten zwischen Wirtstieren untersucht wird. E. coli Stämme, Resistenzplasmide und genomische Elemente, deren Anwesenheit mit effizienter Besiedlung des Wirts und/oder effizientem Transfer von Resistenzen korreliert, werden in ein mathematisches Modell eingebracht, um das Gefährdungspotenzial von E. coli Stämmen bezüglich der Reservoirbildung im Wirt sowie der Verbreitung von Antibiotikaresistenzen zu bestimmen.