Verbund

de.NBI - Etablierungsphase: Leistungszentrum BioInfra.Prot – Bioinformatik der Proteomik

Innerhalb des Deutschen Netzwerks für Bioinformatik Infrastruktur (de.NBI) hat das Leistungszentrum „BioInfra.Prot – Bioinformatik der Proteomik“ das Ziel, Serviceleistungen im Bereich der Proteomik zu etablieren und dem Nutzer anzubieten. Das Angebot umfasst u.a. die Bereitstellung von spezifischen Proteomik-Tools, einen Konvertierungs-Service zur Umwandlung der Daten in XML-Standardformate und einen statistischen Beratungs-Service; ferner werden Trainingskurse im Bereich „Bioinformatik der Proteomik“ organisiert. Die Zielgruppe des Angebots sind Naturwissenschaftler und Mediziner, die eine einfache und strukturierte Auswertung ihrer Proteomik-Daten anstreben, ebenso wie Bioinformatik-Experten und Entwickler.

Teilprojekte

Abgeschlossen

Teilprojekt Bochum

Förderkennzeichen: 031A534A
Gesamte Fördersumme: 3.473.840 EUR
Förderzeitraum: 2015 - 2021
Projektleitung: PD Dr. Martin Eisenacher
Adresse: Ruhr-Universität Bochum - Medizinische Fakultät und Klinikum - Medizinisches Proteom-Center
Gesundheitscampus 4, Gebäude ProDi E2.269
44801 Bochum

Teilprojekt Bochum

Abgeschlossen

Teilprojekt Dortmund

Förderkennzeichen: 031A534B
Gesamte Fördersumme: 576.064 EUR
Förderzeitraum: 2015 - 2021
Projektleitung: Prof. Dr. Albert Sickmann
Adresse: Leibniz-Institut für Analytische Wissenschaften - ISAS - e.V. - Quantitative Systemanalyse
Otto-Hahn-Str. 6b
44227 Dortmund

Teilprojekt Dortmund

Abgeschlossen

BioInfra.Prot-Partnerprojekt LIFS: Teilprojekt Dortmund

Förderkennzeichen: 031L0108A
Gesamte Fördersumme: 532.853 EUR
Förderzeitraum: 2016 - 2021
Projektleitung: Prof. Dr. Albert Sickmann
Adresse: Leibniz-Institut für Analytische Wissenschaften - ISAS - e.V.
Bunsen-Kirchhoff-Str. 11
44139 Dortmund

BioInfra.Prot-Partnerprojekt LIFS: Teilprojekt Dortmund

Mit dem de.NBI-Partner-Verbundprojekt LIFS sollen dem bestehenden Angebot des de.NBI-Netzwerkes nun auch spezifische Softwarelösungen hinzugefügt werden, mit denen die komplexen Zusammenhänge in der Signaltransduktion und der Regulierung des Lipid-Stoffwechsels untersucht werden können. Unregelmäßigkeiten in diesem Bereich sind oft ursächlich für die Entwicklung von Krankheiten.

Verschiedene Suchmaschinen, Quantifizierungsalgorithmen, Visualisierungen, Validierungen und Werkzeuge für die vergleichende Lipid-Analyse existieren bereits, sind aber bislang noch nicht gut genug für große biomedizinische Studien – etwa im Bereich der degenerativen Erkrankungen oder des metabolischen Syndroms – geeignet. Im Rahmen des Projekts sollen daher verbesserte Lösungen erarbeitet und angeboten werden.

Die angedachten Lösungen umfassen eine effiziente Datengenerierung und Experiment-Planung sowie eine Implementierung von Konvertierungswerkzeugen für massenspektrometrische Daten. Ferner sollen künftig Lipid-Identifikationen und Quantifizierungen bis hin zur funktionalen Analyse ermöglicht werden. Es ist geplant, alle Werkzeuge über ein Web-Portal der gesamten Forschergemeinschaft zur Verfügung zu stellen. Zudem ist vorgesehen, spezielle Trainingsmaßnahmen für Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler anzubieten, um diese bei der Datenauswertung im Bereich des Fettstoffwechsels zu unterstützen.

Abgeschlossen

BioInfra.Prot-Partnerprojekt LIFS: Teilprojekt Borstel

Förderkennzeichen: 031L0108B
Gesamte Fördersumme: 392.374 EUR
Förderzeitraum: 2016 - 2021
Projektleitung: Dr. Dominik Schwudke
Adresse: Forschungszentrum Borstel - Leibniz-Zentrum für Medizin und Biowissenschaften
Parkallee 1-40
23845 Borstel

BioInfra.Prot-Partnerprojekt LIFS: Teilprojekt Borstel

Mit dem de.NBI-Partner-Verbundprojekt LIFS sollen dem bestehenden Angebot des de.NBI-Netzwerkes nun auch spezifische Softwarelösungen hinzugefügt werden, mit denen die komplexen Zusammenhänge in der Signaltransduktion und der Regulierung des Lipid-Stoffwechsels untersucht werden können. Unregelmäßigkeiten in diesem Bereich sind oft ursächlich für die Entwicklung von Krankheiten.

Verschiedene Suchmaschinen, Quantifizierungsalgorithmen, Visualisierungen, Validierungen und Werkzeuge für die vergleichende Lipid-Analyse existieren bereits, sind aber bislang noch nicht gut genug für große biomedizinische Studien – etwa im Bereich der degenerativen Erkrankungen oder des metabolischen Syndroms – geeignet. Im Rahmen des Projekts sollen daher verbesserte Lösungen erarbeitet und angeboten werden.

Die angedachten Lösungen umfassen eine effiziente Datengenerierung und Experiment-Planung sowie eine Implementierung von Konvertierungswerkzeugen für massenspektrometrische Daten. Ferner sollen künftig Lipid-Identifikationen und Quantifizierungen bis hin zur funktionalen Analyse ermöglicht werden. Es ist geplant, alle Werkzeuge über ein Web-Portal der gesamten Forschergemeinschaft zur Verfügung zu stellen. Zudem ist vorgesehen, spezielle Trainingsmaßnahmen für Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler anzubieten, um diese bei der Datenauswertung im Bereich des Fettstoffwechsels zu unterstützen.

Abgeschlossen

BioInfra.Prot-Partnerprojekt LIFS: Teilprojekt Dresden

Förderkennzeichen: 031L0108C
Gesamte Fördersumme: 420.546 EUR
Förderzeitraum: 2016 - 2021
Projektleitung: Dr. Andrej Shevchenko
Adresse: Max-Planck-Institut für Molekulare Zellbiologie und Genetik
Pfotenhauerstr. 108
01307 Dresden

BioInfra.Prot-Partnerprojekt LIFS: Teilprojekt Dresden

Mit dem de.NBI-Partner-Verbundprojekt LIFS sollen dem bestehenden Angebot des de.NBI-Netzwerkes nun auch spezifische Softwarelösungen hinzugefügt werden, mit denen die komplexen Zusammenhänge in der Signaltransduktion und der Regulierung des Lipid-Stoffwechsels untersucht werden können. Unregelmäßigkeiten in diesem Bereich sind oft ursächlich für die Entwicklung von Krankheiten.

Verschiedene Suchmaschinen, Quantifizierungsalgorithmen, Visualisierungen, Validierungen und Werkzeuge für die vergleichende Lipid-Analyse existieren bereits, sind aber bislang noch nicht gut genug für große biomedizinische Studien – etwa im Bereich der degenerativen Erkrankungen oder des metabolischen Syndroms – geeignet. Im Rahmen des Projekts sollen daher verbesserte Lösungen erarbeitet und angeboten werden.

Die angedachten Lösungen umfassen eine effiziente Datengenerierung und Experiment-Planung sowie eine Implementierung von Konvertierungswerkzeugen für massenspektrometrische Daten. Ferner sollen künftig Lipid-Identifikationen und Quantifizierungen bis hin zur funktionalen Analyse ermöglicht werden. Es ist geplant, alle Werkzeuge über ein Web-Portal der gesamten Forschergemeinschaft zur Verfügung zu stellen. Zudem ist vorgesehen, spezielle Trainingsmaßnahmen für Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler anzubieten, um diese bei der Datenauswertung im Bereich des Fettstoffwechsels zu unterstützen.