Verbund

de.NBI - Etablierungsphase: Leistungszentrum BioInfra.Prot – Bioinformatik der Proteomik

Innerhalb des Deutschen Netzwerks für Bioinformatik Infrastruktur (de.NBI) hat das Leistungszentrum „BioInfra.Prot – Bioinformatik der Proteomik“ das Ziel, Serviceleistungen im Bereich der Proteomik zu etablieren und dem Nutzer anzubieten. Das Angebot umfasst u.a. die Bereitstellung von spezifischen Proteomik-Tools, einen Konvertierungs-Service zur Umwandlung der Daten in XML-Standardformate und einen statistischen Beratungs-Service; ferner werden Trainingskurse im Bereich „Bioinformatik der Proteomik“ organisiert. Die Zielgruppe des Angebots sind Naturwissenschaftler und Mediziner, die eine einfache und strukturierte Auswertung ihrer Proteomik-Daten anstreben, ebenso wie Bioinformatik-Experten und Entwickler.

Teilprojekte

Teilprojekt Bochum

Förderkennzeichen: 031A534A
Gesamte Fördersumme: 3.377.489 EUR
Förderzeitraum: 2015 - 2021
Projektleitung: PD Dr. Martin Eisenacher
Adresse: Ruhr-Universität Bochum - Medizinische Fakultät und Klinikum - Medizinisches Proteom-Center
Gesundheitscampus 4, Gebäude ProDi E2.269
44801 Bochum

Teilprojekt Bochum

Teilprojekt Dortmund

Förderkennzeichen: 031A534B
Gesamte Fördersumme: 514.010 EUR
Förderzeitraum: 2015 - 2021
Projektleitung: Prof. Dr. Albert Sickmann
Adresse: Leibniz-Institut für Analytische Wissenschaften - ISAS - e.V. - Quantitative Systemanalyse
Otto-Hahn-Str. 6b
44227 Dortmund

Teilprojekt Dortmund

BioInfra.Prot-Partnerprojekt LIFS: Teilprojekt Dortmund

Förderkennzeichen: 031L0108A
Gesamte Fördersumme: 470.797 EUR
Förderzeitraum: 2016 - 2021
Projektleitung: Dr. Robert Ahrends
Adresse: Leibniz-Institut für Analytische Wissenschaften - ISAS - e.V.
Bunsen-Kirchhoff-Str. 11
44139 Dortmund

BioInfra.Prot-Partnerprojekt LIFS: Teilprojekt Dortmund

Mit dem de.NBI-Partner-Verbundprojekt LIFS sollen dem bestehenden Angebot des de.NBI-Netzwerkes nun auch spezifische Softwarelösungen hinzugefügt werden, mit denen die komplexen Zusammenhänge in der Signaltransduktion und der Regulierung des Lipid-Stoffwechsels untersucht werden können. Unregelmäßigkeiten in diesem Bereich sind oft ursächlich für die Entwicklung von Krankheiten.

Verschiedene Suchmaschinen, Quantifizierungsalgorithmen, Visualisierungen, Validierungen und Werkzeuge für die vergleichende Lipid-Analyse existieren bereits, sind aber bislang noch nicht gut genug für große biomedizinische Studien – etwa im Bereich der degenerativen Erkrankungen oder des metabolischen Syndroms – geeignet. Im Rahmen des Projekts sollen daher verbesserte Lösungen erarbeitet und angeboten werden.

Die angedachten Lösungen umfassen eine effiziente Datengenerierung und Experiment-Planung sowie eine Implementierung von Konvertierungswerkzeugen für massenspektrometrische Daten. Ferner sollen künftig Lipid-Identifikationen und Quantifizierungen bis hin zur funktionalen Analyse ermöglicht werden. Es ist geplant, alle Werkzeuge über ein Web-Portal der gesamten Forschergemeinschaft zur Verfügung zu stellen. Zudem ist vorgesehen, spezielle Trainingsmaßnahmen für Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler anzubieten, um diese bei der Datenauswertung im Bereich des Fettstoffwechsels zu unterstützen.

BioInfra.Prot-Partnerprojekt LIFS: Teilprojekt Borstel

Förderkennzeichen: 031L0108B
Gesamte Fördersumme: 392.374 EUR
Förderzeitraum: 2016 - 2021
Projektleitung: Dr. Dominik Schwudke
Adresse: Forschungszentrum Borstel - Leibniz-Zentrum für Medizin und Biowissenschaften
Parkallee 1-40
23845 Borstel

BioInfra.Prot-Partnerprojekt LIFS: Teilprojekt Borstel

Mit dem de.NBI-Partner-Verbundprojekt LIFS sollen dem bestehenden Angebot des de.NBI-Netzwerkes nun auch spezifische Softwarelösungen hinzugefügt werden, mit denen die komplexen Zusammenhänge in der Signaltransduktion und der Regulierung des Lipid-Stoffwechsels untersucht werden können. Unregelmäßigkeiten in diesem Bereich sind oft ursächlich für die Entwicklung von Krankheiten.

Verschiedene Suchmaschinen, Quantifizierungsalgorithmen, Visualisierungen, Validierungen und Werkzeuge für die vergleichende Lipid-Analyse existieren bereits, sind aber bislang noch nicht gut genug für große biomedizinische Studien – etwa im Bereich der degenerativen Erkrankungen oder des metabolischen Syndroms – geeignet. Im Rahmen des Projekts sollen daher verbesserte Lösungen erarbeitet und angeboten werden.

Die angedachten Lösungen umfassen eine effiziente Datengenerierung und Experiment-Planung sowie eine Implementierung von Konvertierungswerkzeugen für massenspektrometrische Daten. Ferner sollen künftig Lipid-Identifikationen und Quantifizierungen bis hin zur funktionalen Analyse ermöglicht werden. Es ist geplant, alle Werkzeuge über ein Web-Portal der gesamten Forschergemeinschaft zur Verfügung zu stellen. Zudem ist vorgesehen, spezielle Trainingsmaßnahmen für Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler anzubieten, um diese bei der Datenauswertung im Bereich des Fettstoffwechsels zu unterstützen.

BioInfra.Prot-Partnerprojekt LIFS: Teilprojekt Dresden

Förderkennzeichen: 031L0108C
Gesamte Fördersumme: 400.546 EUR
Förderzeitraum: 2016 - 2021
Projektleitung: Dr. Andrej Shevchenko
Adresse: Max-Planck-Institut für Molekulare Zellbiologie und Genetik
Pfotenhauerstr. 108
01307 Dresden

BioInfra.Prot-Partnerprojekt LIFS: Teilprojekt Dresden

Mit dem de.NBI-Partner-Verbundprojekt LIFS sollen dem bestehenden Angebot des de.NBI-Netzwerkes nun auch spezifische Softwarelösungen hinzugefügt werden, mit denen die komplexen Zusammenhänge in der Signaltransduktion und der Regulierung des Lipid-Stoffwechsels untersucht werden können. Unregelmäßigkeiten in diesem Bereich sind oft ursächlich für die Entwicklung von Krankheiten.

Verschiedene Suchmaschinen, Quantifizierungsalgorithmen, Visualisierungen, Validierungen und Werkzeuge für die vergleichende Lipid-Analyse existieren bereits, sind aber bislang noch nicht gut genug für große biomedizinische Studien – etwa im Bereich der degenerativen Erkrankungen oder des metabolischen Syndroms – geeignet. Im Rahmen des Projekts sollen daher verbesserte Lösungen erarbeitet und angeboten werden.

Die angedachten Lösungen umfassen eine effiziente Datengenerierung und Experiment-Planung sowie eine Implementierung von Konvertierungswerkzeugen für massenspektrometrische Daten. Ferner sollen künftig Lipid-Identifikationen und Quantifizierungen bis hin zur funktionalen Analyse ermöglicht werden. Es ist geplant, alle Werkzeuge über ein Web-Portal der gesamten Forschergemeinschaft zur Verfügung zu stellen. Zudem ist vorgesehen, spezielle Trainingsmaßnahmen für Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler anzubieten, um diese bei der Datenauswertung im Bereich des Fettstoffwechsels zu unterstützen.