Verbund

de.NBI - Partner: de.STAIR

Das de.NBI-Partner-Verbundprojekt de.STAIR beschäftigt sich mit der Analyse von RNA-Sequenzierungen. Ziel des Projektes ist es, benutzerfreundliche Arbeitsabläufe zur Analyse und Integration von Genexpressionsdaten zu entwickeln und praktische Hilfestellung bei der Auswertung von RNA-Sequenzierungsexperimenten zu geben. In diesem Bereich ist die sogenannte RNA-Seq mittlerweile zu einem weit verbreiteten Werkzeug geworden, mit deren Hilfe die Genexpression quantitativ und qualitativ untersucht werden kann. Die Qualität der RNA-Sequenzierung schwankt jedoch: Die Vielfalt der Studiendesigns, die große Anzahl von RNA-Seq-Protokollen sowie die charakteristischen Eigenschaften der untersuchten Organismen haben großen Einfluss auf nachgelagerte Analysen.

Das de.STAIR-Projekt soll daher die Werkzeuge und Arbeitsabläufe des de.NBI-RNA-Bioinformatik-Zentrums (RBC) um weitere Werkzeuge ergänzen mit dem Ziel, die Rohdaten-Analyse und die umfassende Integration von Genexpressionsdaten weiter zu verbessern. Zudem ist vorgesehen, bereits verfügbare Algorithmen weiterzuentwickeln und zu optimieren. Die Arbeitsabläufe und automatisierten Verarbeitungsketten (die sogenannten „Processing Pipelines“) zur Analyse von RNA-Seq Daten werden dabei – in Abstimmung mit dem RBC – von den drei Teilprojektpartnern gemeinsam entwickelt. Zudem ist geplant, spezielle Trainingsmaßnahmen für Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler anzubieten, um Hürden bei der RNA-Seq-Datenanalyse zu verringern.

Teilprojekte

Abgeschlossen

Teilprojekt Leipzig

Förderkennzeichen: 031L0106A
Gesamte Fördersumme: 78.063 EUR
Förderzeitraum: 2016 - 2017
Projektleitung: Dr. Dr. Steve Hoffmann
Adresse: Universität Leipzig - Interdisziplinäres Zentrum für Bioinformatik (IZBI)
Härtelstr. 16-18
04107 Leipzig

Teilprojekt Leipzig

Teilprojekt Freiburg

Förderkennzeichen: 031L0106B
Gesamte Fördersumme: 477.503 EUR
Förderzeitraum: 2016 - 2021
Projektleitung: Prof. Dr. Wolfgang Hess
Adresse: Albert-Ludwigs-Universität Freiburg - Fakultät für Biologie - Institut für Biologie III
Schänzlestr. 1
79104 Freiburg

Teilprojekt Freiburg

Teilprojekt Rostock

Förderkennzeichen: 031L0106C
Gesamte Fördersumme: 407.414 EUR
Förderzeitraum: 2016 - 2021
Projektleitung: Prof. Dr. Olaf Wolkenhauer
Adresse: Universität Rostock - Fakultät für Informatik und Elektrotechnik - Institut für Informatik - Lehrstuhl für Systembiologie und Bioinformatik
Ulmenstr. 69
18057 Rostock

Teilprojekt Rostock

Teilprojekt Jena

Förderkennzeichen: 031L0106D
Gesamte Fördersumme: 360.112 EUR
Förderzeitraum: 2018 - 2021
Projektleitung: Prof. Dr. Dr. Steve Hoffmann
Adresse: Leibniz-Institut für Alternsforschung - Fritz-Lipmann-Institut e. V. (FLI)
Beutenbergstr. 11
07745 Jena

Teilprojekt Jena