Verbund

de.NBI - Etablierungsphase: Leistungszentrum de.NBI-SysBio - Ein auf Standards basierendes Systembiologie-Datenmanagement (Datenmanagement-Knoten)

Förderkennzeichen: 031A540
Fördersumme: 1.461.592 EUR
Förderzeitraum: 2015 - 2021
Projektleitung: PD Dr. Wolfgang Müller
Adresse: HITS gGmbH
Schloß-Wolfsbrunnenweg 35
69118 Heidelberg

Im Rahmen des Deutschen Netzwerks für Bioinformatik Infrastruktur (de.NBI) ist das Kernziel des Datenmanagement-Knotens „NBI-SysBio“, auf der Basis von SEEK, SABIO-RK und SED-ML ein auf Standards basierendes Datenmanagement aufzubauen. SEEK ist eine Plattform für kollaborative Projekte, die die Datenspeicherung, die Registrierung und den Austausch von Daten zwischen Projektpartnern unterstützt. SABIO-RK ist eine manuell kuratierte Datenbank für Daten von biochemischen Reaktionen und deren kinetischen Eigenschaften. SED-ML ist ein Community-Standard zur Dokumentation von Modelling-Experimenten, der zusammen mit anderen Community-Standards zum Einsatz kommt.

Im Zuge des de.NBI Projektes werden nun Systeme bereitgestellt, die auf Standards basieren und die die Vernetzung mit anderen bzw. zusätzlichen Systemen innerhalb und außerhalb von de.NBI verbessern. Gleichzeitig werden Serviceleistungen um diese Systeme herum angeboten. Die bestehenden Werkzeuge werden für einen dauerhaften Betrieb zur Verfügung gestellt, gepflegt und – abhängig von zusätzlichen Nutzeranforderungen – weiterentwickelt. Dazu gehört auch die Integration von Standards und die Verknüpfung mit bestehenden Arbeitsabläufen anderer de.NBI-Partner. Ziel ist es, eine gleichbleibend hohe Datenqualität sicherzustellen und die Integration neuer Daten voranzutreiben. Zudem soll die Kommunikation mit den Nutzern und das Anbieten verschiedener Service- und Trainingsaktivitäten optimal gestaltet werden.

Teilprojekte

de.NBI-SysBio-Partnerprojekt ModSim: Teilprojekt Heidelberg

Förderkennzeichen: 031L0104A
Gesamte Fördersumme: 649.588 EUR
Förderzeitraum: 2016 - 2021
Projektleitung: Prof. Dr. Ursula Kummer
Adresse: Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg - Fakultät für Biowissenschaften - Centre for Organismal Studies (COS) - Modellierung Biologischer Prozesse
Im Neuenheimer Feld 267
69120 Heidelberg

de.NBI-SysBio-Partnerprojekt ModSim: Teilprojekt Heidelberg

Mit dem de.NBI-Partner-Verbundprojekt ModSim sollen dem de.NBI-Netzwerk nun auch Methoden und integrierte Software-Werkzeuge hinzugefügt werden, die der Konstruktion, der Simulation und der Analyse mathematischer Modelle von biologischen Systemen dienen. Mit der Integration dieses wichtigen Teilgebietes der Bioinformatik können dann im Rahmen von de.NBI zukünftig auch Dienstleistungen und leistungsstarke Ressourcen im Bereich der systembiologischen Modellierung angeboten werden.

Das Verbundprojekt ModSim wird sich im Wesentlichen mit den beiden Modellierungswerkzeugen COPASI und CellNetAnalyzer beschäftigen. Diese sollen als neue Ressourcen innerhalb des de.NBI-Netzwerkes bereitgestellt werden. Es ist zudem vorgesehen, einen erweiterten Benutzersupport aufzubauen und zu unterhalten sowie verschiedene Trainingskurse und Workshops im Bereich der systembiologischen Modellierung auszuarbeiten und anzubieten. Dabei könnten interessierte Nutzerinnen und Nutzer in die verschiedenen Techniken der Modellierung von zellulären Systemen und Netzwerken eingeführt werden. Auch der Umgang mit COPASI und CellNetAnalyzer soll so praxisnah vermittelt werden. Schließlich ist vorgesehen, de.NBI-relevante Weiterentwicklungen an COPASI und CellNetAnalyzer vorzunehmen. So sollen u.a. Standardisierungen von Modell- und Simulationsbeschreibungen eingeführt werden, die im bereits existierenden de.NBI-Knoten NBI-SysBio ausgearbeitet worden sind. Zudem soll untersucht werden, welche Schnittstellen zwischen bereits existierenden Ressourcen des de.NBI-Netzwerkes und COPASI bzw. CellNetAnalyzer eingerichtet werden können, um bestimmte Funktionalitäten zu integrieren. Weitere Erweiterungen in COPASI oder CellNetAnalyzer könnten – sofern verstärkt nachgefragt und im Rahmen des Projektes realisierbar – implementiert werden.

de.NBI-SysBio-Partnerprojekt ModSim: Teilprojekt Magdeburg

Förderkennzeichen: 031L0104B
Gesamte Fördersumme: 484.533 EUR
Förderzeitraum: 2016 - 2021
Projektleitung: Dr.-Ing. Steffen Klamt
Adresse: Max-Planck-Institut für Dynamik komplexer technischer Systeme - Fachgruppe Analyse und Redesign biologischer Netzwerke
Sandtorstr. 1
39106 Magdeburg

de.NBI-SysBio-Partnerprojekt ModSim: Teilprojekt Magdeburg

Mit dem de.NBI-Partner-Verbundprojekt ModSim sollen dem de.NBI-Netzwerk nun auch Methoden und integrierte Software-Werkzeuge hinzugefügt werden, die der Konstruktion, der Simulation und der Analyse mathematischer Modelle von biologischen Systemen dienen. Mit der Integration dieses wichtigen Teilgebietes der Bioinformatik können dann im Rahmen von de.NBI zukünftig auch Dienstleistungen und leistungsstarke Ressourcen im Bereich der systembiologischen Modellierung angeboten werden.

Das Verbundprojekt ModSim wird sich im Wesentlichen mit den beiden Modellierungswerkzeugen COPASI und CellNetAnalyzer beschäftigen. Diese sollen als neue Ressourcen innerhalb des de.NBI-Netzwerkes bereitgestellt werden. Es ist zudem vorgesehen, einen erweiterten Benutzersupport aufzubauen und zu unterhalten sowie verschiedene Trainingskurse und Workshops im Bereich der systembiologischen Modellierung auszuarbeiten und anzubieten. Dabei könnten interessierte Nutzerinnen und Nutzer in die verschiedenen Techniken der Modellierung von zellulären Systemen und Netzwerken eingeführt werden. Auch der Umgang mit COPASI und CellNetAnalyzer soll so praxisnah vermittelt werden. Schließlich ist vorgesehen, de.NBI-relevante Weiterentwicklungen an COPASI und CellNetAnalyzer vorzunehmen. So sollen u.a. Standardisierungen von Modell- und Simulationsbeschreibungen eingeführt werden, die im bereits existierenden de.NBI-Knoten NBI-SysBio ausgearbeitet worden sind. Zudem soll untersucht werden, welche Schnittstellen zwischen bereits existierenden Ressourcen des de.NBI-Netzwerkes und COPASI bzw. CellNetAnalyzer eingerichtet werden können, um bestimmte Funktionalitäten zu integrieren. Weitere Erweiterungen in COPASI oder CellNetAnalyzer könnten – sofern verstärkt nachgefragt und im Rahmen des Projektes realisierbar – implementiert werden.