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LIVE-DREAM - Live Analyse von Genomsequenzierungsdaten mit dynamisch komprimierbaren Indizes

Das Projekt LIVE-DREAM beschäftigt sich mit Verbesserungen bei der Analyse von Genomdaten, die mittels der sogenannten Sequenzierung der nächsten Generation (engl. „next generation sequencing“, NGS) generiert wurden. Dank dieser modernen Sequenzierungsverfahren stehen in immer kürzerer Zeit immer größere Genomdatenmengen für Analyseverfahren zur Verfügung. Obwohl es zahlreiche Analysewerkzeuge gibt, die mittels Vergleich diese Daten verarbeiten, stoßen die Analysemöglichkeiten immer wieder an ihre Grenzen. Insbesondere bei zeitkritischen diagnostischen Anwendungen reicht die bestehende Kapazität der von vielen Programmen genutzten SeqAn-Softwarebibliothek nicht mehr aus.

Hier setzt LIVE-DREAM an: Im Rahmen des Projekts soll zunächst die SeqAn-Software-bibliothek durch den Aufbau einer leicht zu nutzenden Datenbankstruktur gezielt verbessert werden. Anschließend ist die Entwicklung eines robusten und effizienten Analyse-Werkzeuges geplant: Die LIVE-DREAM-Plattform soll dank der verbesserten SeqAn-Softwarebibliotheks-struktur schneller als bisherige Werkzeuge arbeiten und so den Analyseengpass überwinden. Es ist u.a. vorgesehen, die SeqAn-Softwarebibliothek soweit auszubauen, dass die bioinfor-matische Analyse bereits während der Sequenzierung beginnt. Durch diesen Zeitgewinn wäre es dann künftig beispielsweise möglich, Pathogene im klinischen Alltag wesentlich schneller als bisher mittels Genomanalyse zu identifizieren. Für die gesamte SeqAn-Softwarebibliothek bzw. die darauf aufbauende LIVE-DREAM-Plattform sollen zudem eine einfach zu bedienende Nutzerschnittstelle sowie eine verbesserte Ergebnisvisualisierung geschaffen werden.

Das Projekt stellt für alle Bereiche, die auf eine schnelle Genomanalyse angewiesen sind, eine deutliche Verbesserung zur bisherigen Situation dar. Neben der Pathogen-Analyse wird insbesondere auch die personalisierte Krebstherapie dank einer beschleunigten Zielselektion davon profitieren.

Teilprojekte

Teilprojekt Berlin I

Förderkennzeichen: 031L0175A
Gesamte Fördersumme: 206.770 EUR
Förderzeitraum: 2019 - 2022
Projektleitung: Prof. Dr. Knut Reinert
Adresse: Freie Universität Berlin - Fachbereich Mathematik und Informatik - Institut für Bioinformatik
Takustr. 9
14195 Berlin

Teilprojekt Berlin I

Teilprojekt Berlin II

Förderkennzeichen: 031L0175B
Gesamte Fördersumme: 180.004 EUR
Förderzeitraum: 2019 - 2022
Projektleitung: Dr. Bernhard Renard
Adresse: Robert Koch-Institut (RKI)
Nordufer 20
13353 Berlin

Teilprojekt Berlin II