Teilprojekt eines Verbundes

Teilvorhaben Universität Tübingen, Bioinformatik, Teilvorhaben 3

Förderkennzeichen: 01ZX1301F
Fördersumme: 415.284 EUR
Förderzeitraum: 2014 - 2017
Projektleitung: Prof. Dr. Oliver Kohlbacher
Adresse: Eberhard-Karls-Universität Tübingen, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät, Fachbereich IV Informatik, Wilhelm-Schickard-Institut für Informatik, Algorithmen der Bioinformatik
Sand 14
72076 Tübingen

Das Teilvorhaben 3 beschäftigt sich mit Bioinformatik und ist in zwei Arbeitspakete gegliedert: Arbeitspaket 1 beschäftigt sich mit der Datenintegration und dem Datenmanagement. Arbeitspaket 2 beschäftigt sich mit der Modellierung und Identifizierung relevanter Teilnetzwerke. Dazu wird eine gemeinsame Plattform zum Datenmanagement für das gesamte Konsortium aufgesetzt. Basierend auf den darin enthaltenen Daten werden dann statische Netzwerkmodelle auf mehreren Skalen entwickelt. Identifizierte Targets und Teilnetzwerke werden weiter gereicht an andere Teilvorhaben zur dynamischen Modellierung. Arbeitspaket 1 - Datenintegration und -management. Zur Integration der klinischen klinisch/phänotypischen Daten und der Bildgebungsdaten wird ein Programm entwickelt, das dann die Verwaltung aller Daten in einem Data-Warehouse ermöglicht. Aufsetzen von automatisierten Datenanalysepipelines für die Analyse von Omics-Rohdaten (Variantencalling, Metabolomdatenanalyse, Quantitative Proteomik etc.). Arbeitspaket 2 - Identifizierung relevanter Teilnetzwerke und Targets. Integration der Daten auf den verschiedenen Omics-Leveln (Proteomik, Transkriptomik, Metabolomik, Genomik) und Mapping der Daten auf öffentlich verfügbaren Netzwerkdaten (KEGG, BioCyc, Reactome, DIP, MINT...). Identifikation geeigneter Kohorten mit signifikant verschiedenen Phänotypen (z. B. Responder/Nonresponder, basierend auf Unterschieden in den Bildgebungsdaten) Identifizierung signifikant veränderter Teilnetzwerke und von Targets, die für die Ausbildung der differentiellen Phänotypen verantwortlich sind.