Teilprojekt eines Verbundes

Teilprojekte SP A3 und SP B3

Förderkennzeichen: 01ZX1307F
Fördersumme: 434.953 EUR
Förderzeitraum: 2014 - 2017
Projektleitung: Prof. Dr. Matthias Selbach
Adresse: Max-Delbrück-Centrum für Molekulare Medizin (MDC)
Robert-Rössle-Str. 10
13125 Berlin

Im Rahmen des Vorhabens werden die Teilprojekte SP A3 und SP B3 durchgeführt. SP A3: Transkriptionale Signaturen sind nicht immer ausreichend, um biologische Treiber der Pathogenese zu identifizieren. Solche Genexpressionsdaten zeigen nicht, in welchem Umfang mRNAs in Proteine translatiert werden. Im Projekt A3 verwenden wir einen Proteomik-Ansatz, um menschliche Neuroblastom-Proben auf Protein-Ebene direkt zu studieren. Wir verwenden dazu eine Methode, um menschliche Tumor Proteome genau zu quantifizieren. Dazu wird Tumor-Gewebe mit repräsentativen Zelllinien vermischt, das über stable-isotope labeling by amino acids in cell culture (SILAC) markiert wurde. Dieser sogenannte Super-SILAC Ansatz dient dabei als interne Referenz für die relative Quantifizierung der verschiedenen Tumorproben. Wir vergleichen dabei jeweils Proben aus drei Kategorien: (A) geringes Risiko, (B) hohes Risiko heilbar, (C) hohes Risiko nicht-heilbar. Wir werden untersuchen, ob Proteom Signaturen die bestehenden klinischen und genomische Neuroblastom-Einstufung und Risiko-Stratifikations Systeme sinnvoll erweitern. SP B3: Ziel des Projektes ist die Modellierung des primären Zuckerstoffwechsels in Neuroblastom-Zellen zur Identifizierung optimaler therapeutischer Intervention. Es soll ein mathematisches Modell der Glykolyse entwickelt werden, welches die verschiedenen experimentellen Bedingungen beschreibt, darüber hinaus werden der Zitratzyklus und die zellulären Atmungsprozesse einbezogen. Die entwickelten Modellvarianten sollen um die relevante Genexpression erweitert, und zur Berechnung sowie den Vergleich von Flüssen und kritischen Konzentrationen unter den verschiedenen Bedingungen genutzt werden. Nachfolgend werden Sensitivitätsanalysen durchgeführt, die die Identifizierung und den Vergleich kritischer Prozesse und Regulationen erlauben. Für die verschiedenen Bedingungen werden umfassende Simulationen kombinatorischer Inhibitionen des glykolytischen Systems durchgeführt.