Teilprojekt eines Verbundes

Teilprojekt SP A5

Förderkennzeichen: 01ZX1307G
Fördersumme: 292.478 EUR
Förderzeitraum: 2014 - 2017
Projektleitung: Prof. Dr. Martin Eilers
Adresse: Julius-Maximilians-Universität Würzburg, Fakultät für Biologie – Biozentrum, Theodor-Boveri-Institut für Biowissenschaften, Biochemie
Am Hubland
97074 Würzburg

Das Ziel des Vorhabens ist die Identifizierung von Genen, die für den Zellzyklusarrest und die Differenzierung neuronaler Progenitorzellen entscheidend sind. Es wird davon ausgegangen, dass die diesen Prozessen zugrunde liegenden molekularen Mechanismen in Neuroblastomen gestört sind. Ihre Identifizierung sollte daher Angriffspunkte für neue Therapiemöglichkeiten für die bei Kindern relativ häufige Krebserkrankung Neuroblastom bieten. Grundlage des Projektes ist ein small hairpin RNA (shRNA)-Screen, der in Neuroblastomzellen durchgeführt wird. Dabei wird nach Genen gesucht, die die Antwort dieser Zellen auf die Zugabe von Retinsäure beeinflussen. Dazu werden Zellen mit einer komplexen, lentiviralen shRNA-Bibliothek infiziert und dann in der Abwesenheit und Anwesenheit von Retinsäure inkubiert. Nach einigen Generationen werden aus den überlebenden Zellen die shRNA-Sequenzen reisoliert und mit Hilfe von Hochdurchsatzsequenzierung deren Repräsentation in der Population bestimmt. Der Vergleich mit den Änderungen relativ zur Ausgangspopulation und zur Kontrollpopulatin identifiziert diejenigen shRNAs, die spezifisch die zelluläre Antwort auf Retinsäure beeinflussen. Im zweiten Schritt werden mit bioinformatischen Methoden und in der Kooperation mit den Gruppen dieses Netzwerkes die zugrunde liegenden regulatorischen Netzwerke identifiziert und die sich daraus ergebenden kausalen Hypothesen getestet.