Teilprojekt eines Verbundes

Entwicklung von bioinformatischen Analysewerkzeugen für systemmedizinische Datensätze, CP9a

Förderkennzeichen: 01ZX1306D
Fördersumme: 396.815 EUR
Förderzeitraum: 2013 - 2017
Projektleitung: Prof. Dr. Marc-Thorsten Hütt
Adresse: Jacobs University Bremen gGmbH, School of Engineering and Science, Life Sciences
Campus Ring 1
28759 Bremen

Ziel des Teilprojektes ist die Entwicklung mathematischer und bioinformatischer Werkzeuge zur Interpretation molekularer Hochdurchsatzdaten sowie deren Implementierung und Verfügbarmachung für andere Teilprojekte. Dabei soll eine neue Strategie der Datenanalyse verfolgt werden, die durch eine systemorientierte Sicht auf biologische Wechselwirkungen inspiriert ist. Grundidee ist die Abbildung von Hochdurchsatzdaten auf bekannte biologische Netzwerke in ihrer Gesamtheit, um dadurch den Teil der Daten zu bestimmen, der als „kohärent" mit dem betrachteten Netzwerk angesehen werden kann. Dieses Paradigma wird zur Interpretation von Genexpressionsdaten, Mikrobiom-Signaturen und genetische Variationsdaten im Kontext chronische Entzündungskrankheiten angewendet. Das Teilprojekt leistet dadurch einen indikationsübergreifenden Beitrag zur Integration der im Konsortium verfügbaren Datensätze im Sinne einer Systemmedizin. Die Arbeitsplanung umfasst dabei die Einarbeitung von Methoden zur Messung der Übereinstimmung zwischen metabolischen Flussvorhersagen und Transkriptomprofilen entsprechend den Bedürfnissen des Konsortiums. Dabei wird über den menschlichen Metabolismus hinausgegangen, um metabolische Modelle des Mikrobioms zu integrieren. Um der Komplexität der verfügbaren Hochdurchsatzdaten gerecht zu werden, werden diese auch hinsichtlich einer Kohärenz mit anderen Netzwerktypen analysiert.